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Seleção balanceadora no genoma humano: detecção, causas e consequências

Processo: 12/18010-0
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de maio de 2013 - 31 de outubro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Diogo Meyer
Beneficiário:Diogo Meyer
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesq. associados: Aida Andrés ; Bruce Spencer Weir ; Eduardo José Melo dos Santos ; Emmanouil Dermitzakis ; João Farias Guerreiro ; Jorge Macedo Rocha ; Regina Célia Mingroni Netto
Bolsa(s) vinculada(s):14/15365-7 - Seleção balanceadora no Genoma Humano: detecção, causas e consequências, BP.TT
14/06015-2 - Seleção balanceadora no genoma humano: detecção, causas e consequências, BP.TT
Assunto(s):Genética populacional  Genômica  Genoma humano  Seleção natural  Evolução humana  Miscigenação 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Evolução | Genética de populações | Genômica | Populações Miscigenadas | Populações Nativas Americanas | Seleção Natural | Genética de Populações

Resumo

A seleção balanceadora é aquela que aumenta a variação genética em relação ao esperado sob neutralidade. Formas de seleção balanceadora incluem vantagem do heterozigoto, seleção dependente de frequência e seleção variável no tempo ou espaço. Apesar da análise de dados genômicos ter contribuído para entender como fatores demográficos e seletivos interagem, o conhecimento sobre seleção balanceadora permanece limitado. Neste projeto propomos a investigação da seleção balanceadora usando diversas abordagens, com o objetivo de responder a quatro questões. (a) O quão comum é a seleção balanceadora no genoma humano, e quais são os seus alvos? Como a maioria dos scans para genes selecionados busca casos de seleção direcional, eles tem poder reduzido para detectar a seleção balanceadora. Nós propomos a utilização de dados de sequenciamento em baixa cobertura em amostras de 12 populações humanas, publicamente disponíveis, para localizar genes que evoluíram sob seleção balanceadora. (b) Qual o efeito da seleção balanceadora nas regiões próximas a um gene selecionado? A seleção balanceadora num gene aumenta a variação em regiões ligadas. Como consequência, pode haver um aumento na frequência de variantes deletérias ligadas ao gene sob seleção. Testaremos essa hipótese analisando o polimorfismo próximo a genes sob seleção balanceadora, usando genomas de 12 populações humanas, publicamente disponíveis. (c) Como a seleção balanceadora molda a diferenciação genética entre populações? Resultados teóricos preveem que a seleção balanceadora reduz a diferenciação populacional. Entretanto, estudos recentes indicam o oposto, com genes sob seleção balanceadora apresentando alta diferenciação. Usando a genotipagem em alta densidade para 29 populações e sequenciamento em amostras 12 populações, além da genotipagem para 4 populações ameríndias do Brasil a ser realizada por nós, testaremos essa hipótese examinando a diferenciação em genes sob intensa seleção balanceadora. (d) Qual é a escala temporal da ação da seleção balanceadora, e como a seleção interfere no processo de miscigenação? Não é claro se a seleção balanceadora tenha atuado na história recente de populações humanas. Usando os dados de genotipagem de SNPs em alta densidade que iremos gerar para duas populações brasileiras miscigenadas, vamos usar o princípio do mapeamento por miscigenação para detectar regiões do genoma com proporções de ancestralidade distintas da média genômica, indicando vantagens seletivas recentes de um dos componentes ancestrais. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Revista Pesquisa FAPESP sobre o auxílio::
Genes de origem africana diminuem chances de conseguir doador de medula óssea 
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Publicações científicas (12)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
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NUNES, KELLY; ZHENG, XIUWEN; TORRES, MARGARETH; MORAES, MARIA ELISA; PIOVEZAN, BRUNO Z.; PONTES, GERLANDIA N.; KIMURA, LILIAN; CARNAVALLI, JULIANA E. P.; MINGRONI NETTO, REGINA C.; MEYER, DIOGO. HLA imputation in an admixed population: An assessment of the 1000 Genomes data as a training set. HUMAN IMMUNOLOGY, v. 77, n. 3, p. 307-312, . (13/08028-1, 12/09950-9, 12/18010-0)
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SINGLE, RICHARD M.; MEYER, DIOGO; NUNES, KELLY; FRANCISCO, RODRIGO SANTOS; HUNEMEIER, TABITA; MAIERS, MARTIN; HURLEY, CAROLYN K.; BEDOYA, GABRIEL; GALLO, CARLA; HURTADO, ANA MAGDALENA; et al. Demographic history and selection at HLA loci in Native Americans. PLoS One, v. 15, n. 11, . (12/18010-0)
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