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Avaliação da variabilidade alélica, estrutura populacional e desequilíbrio de ligação no germoplasma ex situ de seringueira (Hevea brasiliensis)

Resumo

O desmatamento da Amazônia ameaça os recursos genéticos de muitas espécies nativas dessa região. Entre as espécies ameaçadas está o gênero Hevea, exclusivamente oriundo da floresta Amazônica, Hevea brasiliensis é uma espécie emblemática da região Amazônica, devido ao seu papel histórico no desenvolvimento econômico dos estados que compõem a Amazônia. A seringueira é a base da indústria que utiliza borracha natural. Entretanto, devido a um efeito forte efeito de restrição na base genética, mais de 95% das áreas cultivadas com seringueiras no mundo são plantadas com clones provenientes de apenas 5 a 10 árvores. A diversidade genética da espécie ainda está presente em populações nativas na área de distribuição natural, mas é ameaçada pelo ritmo acelerado de desmatamento. O objetivo central do presente projeto é a caracterização da diversidade genética de clones de seringueira coletados em diferentes regiões da Amazônia, por meio de marcadores moleculares do tipo "polimorfismo de uma única base" (single nucleotide polymorphism - SNP). Esses marcadores serão desenvolvidos a partir da comparação de sequências de um banco de ESTs (Expressed Sequence Tags) de seringueira e, a partir de resultados do transcriptoma de seringueira (pelo sequenciamento de nova geração). Os SNPs desenvolvidos serão genotipados empregando-se um espectrômetro de massas MALDI-TOF (Sequenom). Os dados de variabilidade obtidos serão empregados na construção de um mapa, no estudo da estrutura populacional e do desequilíbrio de ligação das populações representando o germoplasma da Amazônia, atualmente presente nos bancos de germoplasma e, portanto disponível ao melhoramento genético. Todos os resultados de variabilidade genética, do desequilíbrio de ligação e da estrutura populacional gerados, bem como os recursos genômicos (SNPs) desenvolvidos no presente projeto serão úteis aos estudos de genética e aos programas de melhoramento da H. brasiliensis, visando o aumento da produção de borracha. Os resultados também serão úteis aos esforços para a conservação das espécies de Hevea na Amazônia, pois auxiliarão a tomada de medidas com o objetivo de preservar a diversidade genética da seringueira e espécies aparentadas. (AU)

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Publicações científicas (8)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MANTELLO, CAMILA CAMPOS; BOATWRIGHT, LUCAS; DA SILVA, CARLA CRISTINA; SCALOPPI, ERIVALDO JOSE; GONCALVES, PAULO DE SOUZA; BARBAZUK, W. BRAD; DE SOUZA, ANETE PEREIRA. Deep expression analysis reveals distinct cold-response strategies in rubber tree (Hevea brasiliensis). BMC Genomics, v. 20, . (07/50392-1, 14/18755-0, 15/24346-9, 12/50491-8)
DE SOUZA, LIVIA M.; DOS SANTOS, LUCIANO H. B.; ROSA, JOAO R. B. F.; DA SILVA, CARLA C.; MANTELLO, CAMILA C.; CONSON, ANDRE R. O.; SCALOPPI, JR., ERIVALDO J.; FIALHO, JOSEFINO DE F.; DE MORAES, MARIO LUIZ T.; GONCALVES, PAULO DE S.; et al. Linkage Disequilibrium and Population Structure in Wild and Cultivated Populations of Rubber Tree (Hevea brasiliensis). FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 9, . (12/50491-8, 11/50188-0, 14/11807-5, 17/07908-9, 09/52975-0, 14/18755-0, 12/05473-1, 07/50392-1)
CONSON, ANDRE R. O.; TANIGUTI, CRISTIANE H.; AMADEU, RODRIGO R.; ANDREOTTI, ISABELA A. A.; DE SOUZA, LIVIA M.; DOS SANTOS, LUCIANO H. B.; ROSA, JOAO R. B. F.; MANTELLO, CAMILA C.; DA SILVA, CARLA C.; SCALOPPI JUNIOR, ERIVALDO JOSE; et al. High-Resolution Genetic Map and QTL Analysis of Growth-Related Traits of Hevea brasiliensis Cultivated Under Suboptimal Temperature and Humidity Conditions. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 9, . (14/11807-5, 11/50188-0, 12/50491-8, 09/52975-0, 07/50392-1, 15/24346-9, 17/07908-9, 12/05473-1, 14/18755-0)
FEIJO ROSA, JOAO RICARDO BACHEGA; MANTELLO, CAMILA CAMPOS; GARCIA, DOMINIQUE; DE SOUZA, LIVIA MOURA; DA SILVA, CARLA CRISTINA; GAZAFFI, RODRIGO; DA SILVA, CICERO CASIMIRO; TOLEDO-SILVA, GUILHERME; CUBRY, PHILIPPE; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO; et al. QTL detection for growth and latex production in a full-sib rubber tree population cultivated under suboptimal climate conditions. BMC PLANT BIOLOGY, v. 18, . (13/20447-0, 12/50491-8, 09/14068-0, 11/50188-0)
MANTELLO, CAMILA CAMPOS; CARDOSO-SILVA, CLAUDIO BENICIO; DA SILVA, CARLA CRISTINA; DE SOUZA, LIVIA MOURA; SCALOPPI JUNIOR, ERIVALDO JOSE; GONCALVES, PAULO DE SOUZA; VICENTINI, RENATO; DE SOUZA, ANETE PEREIRA. De Novo Assembly and Transcriptome Analysis of the Rubber Tree (Hevea brasiliensis) and SNP Markers Development for Rubber Biosynthesis Pathways. PLoS One, v. 9, n. 7, . (11/50188-0, 12/11109-0, 12/50491-8, 09/52975-0, 07/50562-4, 08/55974-1, 12/05473-1)
MUNYENGWA, NORMAN; GUEN, VINCENT LE; BILLE, HERMINE NGALLE; SOUZA, LIVIA M.; CLEMENT-DEMANGE, ANDRE; MOURNET, PIERRE; MASSON, AURELIEN; SOUMAHORO, MOUMAN; KOUASSI, DAOUDA; CROS, DAVID. Optimizing imputation of marker data from genotyping-by-sequencing (GBS) for genomic selection in non-model species: Rubber tree (Hevea brasiliensis) as a case study. Genomics, v. 113, n. 2, p. 655-668, . (12/05473-1, 12/50491-8)
DE SOUZA, LIVIA MOURA; LE GUEN, VINCENT; MORENO CERQUEIRA-SILVA, CARLOS BERNARDO; SILVA, CARLA CRISTINA; MANTELLO, CAMILA CAMPOS; OLIVEIRA CONSON, ANDRE RICARDO; GOMES VIANNA, JOAO PAULO; ZUCCHI, MARIA IMACULADA; SCALOPPI JUNIOR, ERIVALDO JOSE; FIALHO, JOSEFINO DE FREITAS; et al. Genetic Diversity Strategy for the Management and Use of Rubber Genetic Resources: More than 1,000 Wild and Cultivated Accessions in a 100-Genotype Core Collection. PLoS One, v. 10, n. 7, . (11/50188-0, 12/50491-8, 09/52975-0, 07/50392-1, 12/05473-1)

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