Influência da ancestralidade na suscetibilidade ao Diabetes mellitus tipo 1 em uma população brasileira

Resumo

A abordagem mais usada para a investigação de genes associados a doenças é o estudo caso-controle, no qual se procura identificar se a frequência de variantes polimórficas difere entre o grupo de pacientes e controles. Um dos problemas desta abordagem é o da estratificação populacional em função da mistura étnica, que é uma das características da população brasileira. Torna-se, portanto, difícil usar a metodologia de caso-controle na nossa população para o estudo de doenças complexas, pois há o risco de se encontrar associações espúrias devido às diferenças no background genético dos indivíduos casos e dos controles. Marcadores informativos de ancestralidade (AIMs) podem ser aplicados para estimar ancestralidade biogeográfica em nível populacional, de subgrupos (casos e controles) e individual. Por possuírem alta informação sobre ancestralidade, esses marcadores aumentam o poder para detectar associações espúrias entre casos e controles. Temos verificado que os mesmos alelos de susceptibilidade para o diabetes tipo 1 auto-imune (DM1A) presentes em caucasianos são também prevalentes na nossa população, mas em menor frequência (HLA-DR3-DR4, polimorfismos dos genes PTPN22, CTLA4 e VNTR-INS). Temos como finalidade 1) Identificar os componentes ancestrais individuais e da população em estudo, permitindo o conhecimento de sua potencial estratificação. 2) Redefinir o papel dos alelos do sistema HLA-DR e DQ, dos polimorfismos dos genes PTPN22, CTLA4 e do VNTR-INS, na predisposição à doença, corrigindo para o viés introduzido pela estratificação. Para tanto, utilizaremos 93 marcadores informativos de ancestralidade, já previamente descritos por Nassir e colegas (Nassir R, et al. 2009). Será avaliada a influência da ancestralidade na frequência dos alelos do sistema HLA-DR e DQ e dos polimorfismos dos genes PTPN22, CTLA4 e do VNTR-INS na predisposição à doença. Desta forma, tentaremos corrigir os resultados obtidos na análise destes genes para o viés introduzido pela estratificação da nossa população. Será utilizado o DNA extraído de leucócitos periféricos do Banco de DNA de 500 pacientes com DM1A e 500 controles normais do Hospital das Clínicas da FMUSP. Os pacientes DM1A, selecionados pelos critérios clínicos de hiperglicemia grave ou cetoacidose no diagnóstico e necessidade precoce de insulinoterapia menos de 6 meses do diagnóstico foram recrutados nos ambulatórios de Diabetes do Hospital das Clínicas da FMUSP. O grupo controle compreende indivíduos sem história familiar de diabetes, glicemia e hemoglobina glicosilada normais. A genotipagem dos SNPS informativos de ancestralidade será realizada por meio da plataforma BeadXpress (Illumina, EUA). A composição ancestral dos indivíduos será caracterizada pelo programa Structure 2.3.3 (Pritchard JK, et al. 2000), e os SNPs contidos nos genes candidatos serão testados por meio de análise de structured association, utilizando o programa STRAT (Pritchard et al., 2000) (AU)