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Desequilíbrios genômicos submicroscópicos em quadros clínicos específicos de anomalias congênitas e deficiência mental

Resumo

Hibridação comparativa de genomas em microarray ou array-CGH (aCGH) é uma técnica que permite investigar perdas e ganhos de seqüências de DNA no genoma inteiro com resolução 2 ordens de magnitude maior do que a citogenética clássica. Introduzimos a técnica de aCGH em 2004 no IBUSP e, com o apoio do CEPID Centro de Estudos do Genoma Humano (CEGH), investigamos alterações submicroscópicas em cerca de 400 famílias com indivíduos afetados por deficiência mental e/ou anomalias congênitas, detectando alterações cromossômicas crípticas entre 17% a 30% dos pacientes, dependendo do critério clínico de seleção. Além do evidente benefício para cálculos de risco de recorrência e aconselhamento genético dessas famílias, 20 artigos que contribuem para o mapeamento de doenças específicas e descrição de novas síndromes resultaram desse trabalho, vários em colaboração com grupos internacionais. Os microarrays utilizados foram produzidos pela pesquisadora C. Rosenberg quando docente na Universidade de Leiden, Holanda, e doados à Universidade de São Paulo; tinham BACs como alvo de hibridação e resolução de cerca de 1 Mb. Os BAC-arrays, entretanto, estão sendo substituídos por oligoarrays, que têm resolução muito maior e menor custo. Pretendemos, assim, continuar nossa investigação, agora em grupos com fenótipos específicos (num total de 400 pacientes e 200 controles), utilizando uma plataforma comercial de alta resolução. Os Pesquisadores Principais e Colaboradores representam centros de referência para os quadros clínicos escolhidos para o estudo, com etiologia parcial ou totalmente desconhecida, especificamente: anomalias Müllerianas, surdez, síndrome de Silver-Russel, deficiência mental de herança ligado ao X e câncer pediátrico associado a defeitos congênitos. Neste projeto, (a) temos colaboração internacional com o Dr. John Crolla, do National Genetics Reference Laboratory, Wessex, UK, que coordena um consórcio europeu de usuários de uma mesma plataforma de aCGH para diagnóstico de deficiência mental e anomalias congênitas; (b) Dr. Crolla e C. Rosenberg são parte de um consórcio internacional para padronização de aCGH em estudos clínicos, financiado pelo National Institute of Health (NIH, EUA) e coordenado pelo Dr. David Ledbetter, da Universidade de Atlanta; (c) C. Rosenberg é parte do consórcio internacional DECIPHER - Database of Chromosomal Imbalances and Phenotype in humans using Ensembl Resources (http://www.sanger.ac.uk/PostGenomics/decipher), banco de dados que compila e disponibiliza on line as alterações submicroscópicas detectadas em pacientes com fenótipos alterados. Esse projeto é uma colaboração entre o Instituto de Biociências da USP (IB-USP) e o Hospital do Câncer AC Camargo. A coordenadora do projeto, atualmente pesquisadora do Hospital do Câncer AC Camargo, foi aprovada em setembro último em concurso público para a vaga de docente do IB-USP e aguarda contratação. Quando a contratação da USP ocorrer, a pesquisadora passará a ter vínculo empregatício com a USP e continuará como colaboradora do Hospital do Câncer AC Camargo, não afetando a execução do projeto. (AU)

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(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DARINE VILLELA; LILIAN KIMURA; DAVID SCHLESINGER; AMANDA GONÇALVES; PETER L. PEARSON; CLAUDIA K. SUEMOTO; CARLOS PASQUALUCCI; ANA CRISTINA KREPISCHI; LEA T. GRINBERGAND; CARLA ROSENBERG. Germline DNA copy number variation in individuals with Argyrophilic grain disease reveals CTNS as a plausible candidate gene. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 36, n. 4, p. 498-501, . (09/00898-1)
DANTAS, VITOR G. L.; FREITAS, ERIKA L.; DELLA-ROSA, VALTER A.; LEZIROVITZ, KARINA; DE MORAES, ANA MARIA S. M.; RAMOS, SILVIA B.; OITICICA, JEANNE; ALVES, LEANDRO U.; PEARSON, PETER L.; ROSENBERG, CARLA; et al. Novel partial duplication of EYA1 causes branchiootic syndrome in a large Brazilian family. INTERNATIONAL JOURNAL OF AUDIOLOGY, v. 54, n. 9, p. 593-598, . (09/00898-1, 09/05620-1, 03/04780-9, 98/14254-2)
SIMIONI, MILENA; VIEIRA, TARSIS PAIVA; SGARDIOLI, ILARIA CRISTINA; FREITAS, ERIKA LOPES; ROSENBERG, CARLA; MAURER-MORELLI, CLAUDIA VIANNA; LOPES-CENDES, ISCIA; FETT-CONTE, AGNES CRISTINA; GIL-DA-SILVA-LOPES, VERA LUCIA. Insertional translocation of 15q25-q26 into 11p13 and duplication at 8p23.1 characterized by high resolution arrays in a boy with congenital malformations and aniridia. AMERICAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS PART A, v. 158A, n. 11, p. 2905-2910, . (09/00898-1, 08/10596-0)
CAPELLI, LEONARDO P.; KREPISCHI, C. V.; GURGEL-GIANNETTI, JULIANA; MENDES, MIRIAN FABIOLA S.; RODRIGUES, TATIANE; VARELA, MONICA C.; KOIFFMANN, CELIA P.; ROSENBERG, CARLA. Deletion of the RMGA and CHD2 genes in a child with epilepsy and mental deficiency. EUROPEAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS, v. 55, n. 2, p. 132-134, . (09/00898-1, 98/14254-2)
VICTORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA; CAPELLI, LEONARDO PIRES; SILVA, AMANDA GONCALVES; SOUZA DE ARAUJO, ERICA SARA; PEARSON, PETER LEES; HECK, BENJAMIN; LIMA DA COSTA, CECILIA MARIA; DE CAMARGO, BEATRIZ; ROSENBERG, CARLA. Large germline copy number variations as predisposing factor in childhood neoplasms. FUTURE ONCOLOGY, v. 10, n. 9, p. 1627-1633, . (09/02058-0, 09/00898-1, 08/57887-9, 13/08028-1)
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RODRIGUES, TATIANE CRISTINA; FIDALGO, FELIPE; LIMA DA COSTA, CECILIA MARIA; FERREIRA, ELISA NAPOLITANO; DA CUNHA, ISABELA WERNECK; CARRARO, DIRCE MARIA; VICTORINO KREPISCHI, ANA CRISTINA; ROSENBERG, CARLA. Upregulated genes at 2q24 gains as candidate oncogenes in hepatoblastomas. FUTURE ONCOLOGY, v. 10, n. 15, p. 2449-2457, . (06/00054-0, 09/00898-1, 13/08028-1, 11/24007-9)
MASCHIETTO, MARIANA; RODRIGUES, TATIANE CRISTINA; KASHIWABARA, ANDRE YOSHIAKI; SOUZA DE ARAUJO, ERICA SARA; MARQUES AGUIAR, TALITA FERREIRA; LIMA DA COSTA, CECILIA MARIA; DA CUNHA, ISABELA WERNECK; VASQUES, LUCIANA DOS REIS; CYPRIANO, MONICA; BRENTANI, HELENA; et al. DNA methylation landscape of hepatoblastomas reveals arrest at early stages of liver differentiation and cancer-related alterations. ONCOTARGET, v. 8, n. 58, p. 97871-97889, . (15/06281-7, 09/00898-1, 16/04785-0, 13/08028-1, 11/24007-9)
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