Caracterização do vírus da imunodeficiência humana (HIV-1) pela análise do genoma completo viral em amostras de doadores de sangue nos estados de Pernambuco, Minas Gerais, Rio de Janeiro e São Paulo

Resumo

A variabilidade genética é uma das características mais importantes do HIV-1, sendo um dos fatores cruciais nas tentativas de controle da epidemia e no desenvolvimento de uma vacina eficaz. O entendimento da diversidade é fundamental não somente para o sucesso no desenvolvimento de vacinas e drogas, mas também para entender a epidemiologia e o diagnostico genético. Realizaremos análises de genomas completos de HIV-1 de 300 amostras, isoladas de doadores de sangue infectados que residem nos Estados de São Paulo (n=70), Rio de Janeiro (n=90), Minas Gerais (n=50) e Pernambuco (n=90) para contribuir na otimização de estratégias de diagnósticos do HIV-1, procurar identificar assinaturas e polimorfismos no genoma viral e sua associações com a evolução biológica dos níveis de linfócitos T CD4 e carga viral plasmática, buscar interações em nível molecular entre aminoácidos no gene envelope do HIV-1 de variantes com o tetrâmero GWGR na alça V3 da população viral presente na infecção intra-paciente, analisar a variabilidade de aminoácidos nos Linfócitos T Citotóxicos e T-Helper baseado em epitopos conhecidos, caracterizar um possível padrão de recombinação entre amostras circulantes, verificando tendências evolutivas que podem estar ocorrendo na epidemia desta população, construir um painel de genomas completos de possíveis amostras recombinantes inter-subtipos do HIV-1 isolados de pacientes recém infectados para estimar a possível existência de CRFs e sua dispersão no Brasil, buscando-as e caracterizando-as, incrementar o número de seqüências de HIV brasileiros caracterizados em mais de uma região do genoma, ainda pouco representado no mundo, descrever a estabilidade da classificação original de subtipos ao nível de genoma completo, avaliar a prevalência de resistência primária nas cinco classes de medicamentos disponíveis em pacientes infectados, visto que todos os estudos realizados até o momento relatam apenas a avaliação de "trechos" dos genomas. A extração do RNA viral será realizada a partir do plasma, depois de sintetizado o cDNA, será realizada PCR em duas etapas seguindo os protocolos do nosso laboratório com amplificação de 5 fragmentos em sobreposição que cobrem todo o genoma do HIV-1. Os produtos serão seqüenciados em fragmentos menores. Todas as seqüências serão analisadas através de análises filogenéticas. Informações sobre a evolução, estatísticas dos indivíduos, genética do hospedeiro, mapeamento de epítopos, dados clínicos, imunológicos e epidemiológicos serão cruzados com seqüências virais para permitir estudos de associação subseqüentes. (AU)