EMU: aquisição de analisador genético de DNA para o sequenciamento automático de DNA

Resumo

A disponibilidade de um analisador genético de DNA, para o sequenciamento de DNA, de última geração, para ser utilizado por diversos laboratórios da Faculdade de Medicina e Instituto Tropical de Medicina da Universidade de São Paulo, é muito importante, pois não se dispõe de um aparelho com tais características nestas instituições. O aparelho que está sendo solicitado neste projeto irá substituir sequenciadores ASI377, que produzem sequências de boa qualidade, mas cuja assistência técnica será interrompida em breve, além de que necessitam de cuidados operacionais muito maiores. Outra vantagem dos novos sequenciadores é o novo software utilizado para a interpretação de sequências: enquanto os sequenciadores de DNA ASI 377 e ASI 3100 utilizam o software ASI basecaller, o modelo ASI 3500 utiliza o software KS basecaller. O software KS basecaller permite a identificação de bases mistas, o que tem que ser realizado manualmente com o software ASI basecaller. Além disso, essa nova versão do software já possui um método próprio de avaliação da qualidade das sequências, podendo dispensar que outros softwares como Phred e Phrap tenham que ser utilizados para este fim, com a vantagem de que o novo software já avalia o valor de qualidade de sequências com bases mistas. Sequências com bases mistas são encontradas em organismos eucariotos apenas em caso de heterozigose, mas sequências com bases mistas são encontradas com muito maior frequência em sequenciamento de populações virais, como vírus que se replicam através de enzimas sem atividade revisora, como é o caso dos vírus que se replicam com DNA-polimerase-RNA-dependente (Transcriptase Reversa) ou RNA-polimerase-RNA dependente. Desta forma, a solicitação deste aparelho virá a suprir as necessidades dos laboratórios que trabalham com vírus e será também utilizado para o sequenciamento de ácidos nucleicos genômicos e para estudo de polimorfismos de microssatélites (STRs), muito importantes para a análise do hospedeiro humano. Este aparelho será operado por uma equipe com grande experiência em sequenciamento de ácidos nucleicos virais e será de grande utilidade para que os grupos envolvidos possam realizar seus trabalhos de forma mais ágil. (AU)