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Aquisição de uma plataforma de alta performance para análises computacionais aplicadas à medicina

Processo: 09/53853-5
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
Vigência: 01 de agosto de 2010 - 31 de julho de 2012
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Wilson Araújo da Silva Junior
Beneficiário:Wilson Araújo da Silva Junior
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Genômica  Transcriptômica  Sequenciamento de nova geração  Processamento de dados  Biologia computacional 
Publicação FAPESP:https://media.fapesp.br/bv/uploads/publicacoes/emu_bio_61.pdf
As informações de acesso ao Equipamento Multiusuário são de responsabilidade do Pesquisador responsável
Página web do EMU: Página do Equipamento Multiusuário não informada
Tipo de equipamento: Tipo de Equipamento Multiusuário não informado
Fabricante: Fabricante não informado
Modelo: Modelo não informado

Resumo

A proposta visa a aquisição e estabelecimento de uma plataforma de alta-performance voltada para análises computacionais aplicados à medicina, com ênfase em genômica. A disponibilidade de diversos sequenciadores de nova-geração tem produzido um grande volume de dados e há um evidente gargalo na capacidade de processamento e análise computacional dos dados gerados. Os grupos envolvidos nessa proposta tem muita experiência com dados de sequenciamento e estão (e estiveram) diretamente envolvidos em vários projetos na área de genômica. Os dados provenientes das plataformas genômicas vem também sendo usados em diversas análises incluindo, desenho de drogas e modelagem de sistemas biológicos. A plataforma aqui proposta visa também auxiliar projetos nessas áreas de conhecimento. Esperamos que a plataforma venha a ter um significativo impacto nos projetos dos grupos envolvidos. A proposta engloba também a execução de dois cursos sobre processamento e análise de dados genômicos, abertos à comunidade interessada. (AU)

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Publicações científicas (8)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
ARAUJO, L. F.; SIENA, A. D. D.; PLACA, J. R.; BROTTO, D. B.; BARROS, I. I.; MUYS, B. R.; BIAGI JR, C. A. O.; PERONNI, K. C.; SOUSA, J. F.; MOLFETTA, G. A.; et al. Mitochondrial transcription factor A (TFAM) shapes metabolic and invasion gene signatures in melanoma. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, . (09/53853-5, 13/25119-0, 18/04017-9, 13/08135-2, 15/21940-7)
BATISTA, FERNANDA A. H.; TRIVELLA, DANIELA B. B.; BERNARDES, AMANDA; GRATIERI, JOYCE; OLIVEIRA, PAULO S. L.; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M.; WEBB, PAUL; POLIKARPOV, IGOR. Structural Insights into Human Peroxisome Proliferator Activated Receptor Delta (PPAR-Delta) Selective Ligand Binding. PLoS One, v. 7, n. 5, . (09/53853-5, 10/17048-8, 06/00182-8)
ARAUJO, LUIZA FERREIRA; MOLFETTA, GREICE ANDREOTTI; VINCENZI, OTAVIO COSTA; HUBER, JAIR; TEIXEIRA, LORENA ALVES; FERRAZ, VICTOR EVANGELISTA; SILVA JR, WILSON ARAUJO. Molecular basis of familial adenomatous polyposis in the southeast of Brazil: identification of six novel mutations. International Journal of Biological Markers, v. 34, n. 1, p. 80-89, . (09/53853-5, 11/11456-0, 13/08135-2, 13/25119-0)
MUYS, BRUNA RODRIGUES; SOUSA, JOSANE F.; PLACA, JESSICA RODRIGUES; DE ARAUJO, LUIZA FERREIRA; SARSHAD, AISHE A.; ANASTASAKIS, DIMITRIOS G.; WANG, XIANTAO; LI, XIAO LING; DE MOLFETTA, GREICE ANDREOTTI; RAMAO, ANELISA; et al. miR-450a Acts as a Tumor Suppressor in Ovarian Cancer by Regulating Energy Metabolism. Cancer Research, v. 79, n. 13, p. 3294-3305, . (09/53853-5, 13/25326-6, 13/25119-0, 13/08135-2, 16/22307-9)
QUINTERO, MELISSA; ADAMOSKI, DOUGLAS; DOS REIS, LARISSA MENEZES; RODRIGUES ASCENCAO, CAROLLINE FERNANDA; SOUSA DE OLIVEIRA, KRISHINA RATNA; GONCALVES, KALIANDRA DE ALMEIDA; DIAS, MARILIA MEIRA; CARAZZOLLE, MARCELO FALSARELLA; GOMES DIAS, SANDRA MARTHA. Guanylate-binding protein-1 is a potential new therapeutic target for triple-negative breast cancer. BMC CANCER, v. 17, . (09/53853-5, 14/17820-3, 14/18061-9, 15/25832-4, 14/15968-3, 12/09452-9, 13/23510-4, 14/06512-6, 12/11577-4)
ARAUJO, L. F.; TERRA, JR., A. T.; SARES, C. T. G.; SOBREIRA, C. F. R.; FARIA, E. F.; MACHADO, R. D.; RODRIGUES, JR., A. A.; MUGLIA, V. F.; SILVA, JR., W. A.; REIS, R. B.. Mitochondrial genome analysis in penile carcinoma. MOLECULAR BIOLOGY REPORTS, v. 45, n. 4, p. 591-600, . (09/53853-5, 13/08135-2, 13/25119-0)
KROLL, JOSE EDUARDO; GALANTE, PEDRO A. F.; OHARA, DANIEL T.; NAVARRO, FABIO C. P.; OHNO-MACHADO, LUCILA; DE SOUZA, SANDRO J.. A new portal for the analysis of human splicing variants. RNA BIOLOGY, v. 9, n. 11, p. 1339-1343, . (09/53853-5, 07/55790-5)
BARROS, ISABELA I.; LEAO, VITOR; SANTIS, JESSICA O.; ROSA, REGINALDO C. A.; BROTTO, DANIELLE B.; STORTI, CAMILA B.; SIENA, ADAMO D. D.; MOLFETTA, GREICE A.; SILVA, JR., WILSON A.. Non-Syndromic Intellectual Disability and Its Pathways: A Long Noncoding RNA Perspective. NON-CODING RNA, v. 7, n. 1, . (09/53853-5, 13/08135-2)

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