Projeto Genoma-FAPESP: laboratório de sequenciamento

Resumo

A estratégia global utilizada para o sequenciamento do genoma da Xylella fastidiosa envolveu cinco fases distintas: a) Numa primeira fase, foi construído um mapa físico global do genoma bacteriano, baseando-se nos sítios de clivagens de enzimas de restrição de corte raro, tais como a Not I e Sfil entre outras; b) Numa Segunda fase, foi construída bibliotecas de plasmídios, utilizando como insertos os fragmentos de DNA genômico da bactéria, obtidos anteriormente. Estes fragmentos foram clivados com enzimas de restrição de corte frequente, produzindo fragmentos da ordem de 4 a 10Kb. Com esta estratégia, foi esperado que ao redor de 10 bibliotecas de cada fragmento com 600 clones de 6Kb representasse uma cobertura do genoma de aproximadamente 20 vezes; c) Nesta etapa, envolveu-se o sequenciamento parcial das extremidades dos clones de plasmídios na tentativa de identificar clones contínuos; d) Esta fase envolveu o sequenciamento completo dos insertos de plasmídios contínuos. A sequência completa dos contínuos (contigs), completou a sequência do genoma; e) Esta fase foi dedicada para o fechamento de falhas existentes no sequenciamento final do genoma bacteriano. (AU)