Caracterização e simulação de redes biológicas

Processo:	07/02827-9
Modalidade de apoio:	Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência:	01 de agosto de 2007 - 31 de julho de 2009
Área do conhecimento:	Ciências Exatas e da Terra - Física - Física da Matéria Condensada

Pesquisador responsável:	Ney Lemke
Beneficiário:	Ney Lemke

Instituição Sede:	Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil

Bolsa(s) vinculada(s):	09/00691-8 - Caracterização e Simulação de Redes Biológicas, BP.TT

Assunto(s):	Biologia computacional
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:	Biologia Computacional \| Física Biológica \| Redes Biológicas \| Sistemas Complexos \| Física Biológica

Resumo

O desenvolvimento de técnicas biomoleculares capazes de realizar experimentos de larga escala envolvendo diferentes aspectos do comportamento celular vem gerando uma impressionante massa de dados que demandam novas técnicas de análise. Este projeto tem por objetivo construir, caracterizar e simular redes biológicas integradas que incluem informação sobre metabolismo, interação proteína-proteína e regulação. As análises utilizarão diferentes ferramentas de inteligência artificial e de simulação, entre elas: árvores de decisão, dinâmica molecular e redes bayseana visando predizer essencialidade de genes, atribuir funções para genes sem função conhecida ou ainda bons alvos para drogas. (AU)

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Publicações científicas (4)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CECHIN, ADELMO L.; SINIGAGLIA, MARIALVA; MOMBACH, JOSE C. M.; ECHEVERRIGARAY, SERGIO; LEMKE, NEY; CABRERA, ODALYS G.; PEREIRA, GONCALO A. G.; MEDRANO, FRANCISCO JAVIER. Can Nep1-like proteins form oligomers?. PLANT SIGNALING & BEHAVIOR, v. 3, n. 10, p. 906-907, 2008. (07/02827-9)

ACENCIO, MARCIO L.; LEMKE, NEY. Towards the prediction of essential genes by integration of network topology, cellular localization and biological process information. BMC Bioinformatics, v. 10, SEP 16 2009. (07/02827-9, 07/01213-7)

COSTA‚ P.R.; ACENCIO‚ M.L.; LEMKE‚ N.. A machine learning approach for genome-wide prediction of morbid and druggable human genes based on systems-level data. BMC Genomics, v. 11, n. Suppl 5, p. S9, 2010. (07/02827-9, 07/01213-7, 07/08466-8)

CECHIN‚ A.; SINIGAGLIA‚ M.; LEMKE‚ N.; ECHEVERRIGARAY‚ S.; CABRERA‚ O.; PEREIRA‚ G.; MOMBACH‚ J.. Cupin: A candidate molecular structure for the Nep1-like protein family. BMC PLANT BIOLOGY, v. 8, n. 1, p. 50, 2008. (07/02827-9)

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