Identificação de genes de predisposição ao desenvolvimento do Câncer de Tiroide Familial Não-Medular por sequenciamento completo do exoma

Resumo

O câncer da tiroide familial pode se originar das células parafoliculares e denominado carcinoma medular da tiroide (MTC) ou das células foliculares e denominado carcinoma familial não medular da tiroide (FNMTC). O MTC hereditário ocorre associado a outras neoplasias endócrinas na síndrome de Neoplasia Endócrina Múltipla do tipo 2 (NEM 2). O FNMTC pode ocorrer na forma sindrômica ou na forma não sindrômica. A forma sindrômica ocorre em 5% dos casos, a prevalência do carcinoma de tiroide é variável, ocorre como um componente de uma das síndromes de câncer familial e os genes de suscetibilidade foram identificados. A forma não sindrômica ocorre em 95% dos casos e o câncer de tiroide ocorre como o único tipo de câncer diferenciado da tiroide e é objeto deste estudo. Segundo a nova classificação da Organização Mundial da Saúde (OMS), os critérios essenciais para classificação do FNMTC não sindrômico incluem (1) presença de carcinomas derivados das células foliculares em pelo menos 3 parentes de primeiro grau ou (2) existência de CPT em pelo menos 2 parentes de primeiro grau e sempre, nos dois casos, ausência de história de exposição à radiação e de casos de FNMTC sindrômico. Mais de cem genes candidatos e alguns loci gênicos foram identificados, mas a maioria das variantes genéticas identificadas até agora conferem pequenos incrementos no risco, e explicam apenas uma pequena proporção do agrupamento familial. Desta forma, testes genéticos não são indicados para a forma FNMTC não sindrômica. Espera-se que os critérios clínicos estabelecidos pela OMS facilitem a investigação das bases genéticas do FNMTC. O presente projeto tem como objetivo identificar variantes genéticas de susceptibilidade a FNMTC. Foram selecionadas 10 famílias com pelo menos 3 parentes de primeiro grau com CPT. A identificação dos genes candidatos será realizada por meio do Sequenciamento Completo do Exoma utilizando a plataforma NextSeq2000 Sequencing Systems, Illumina. Inicialmente os dados serão avaliados quanto a presença de variantes em 101 genes previamente associados a FNMTC. Na ausência de variantes nestes genes de predisposição, os arquivos VCF serão analisados por meio da ferramenta PhenoDB. As variantes serão anotadas pelo ANNOVAR e filtradas de acordo com número de reads, qualidade e a frequência (<1%) no gnomAD (Genome Aggregation Database) e no ABraOM (Arquivos Brasileiros online de Mutações). As variantes identificadas serão avaliadas em aproximadamente 500 casos de CPT esporádicos do The Cancer Genome Atlas (TCGA), no banco de dados do Catálogo de Mutações Somáticas no Câncer (COSMIC) e no Integrative OncoGenomics Integrativa (intOGen). O efeito da substituição dos aminoácidos na estrutura e função das proteínas identificadas será analisado usando vários plug-ins disponíveis através da interface Ensembl Variant Effect Predictor (ensembl.org/info/docs/tools/vep). Acreditamos que este estudo possibilitará a identificação de genes associados a FNMTC não sindrômica e a integração destes dados com os reportados na literatura permitirá o desenvolvimento de um teste voltado para deteção precoce e terapia individualizada da doença na população Brasileira, otimizando o manejo do paciente. (AU)