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Predições genômicas para características de importância produtiva em metapopulações de raças zebuínas de corte

Processo: 21/04807-2
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de maio de 2022 - 30 de abril de 2024
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Fernando Sebastián Baldi Rey
Beneficiário:Fernando Sebastián Baldi Rey
Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Pesquisadores associados: Daniela Andressa Lino Lourenco ; Danísio Prado Munari ; Ignácio Aguilar ; José Bento Sterman Ferraz ; Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva ; Raysildo Barbosa Lôbo
Assunto(s):Bovinos de corte  Gado Brahman  Gado Nelore  Gado Guzerá  Seleção genômica  Predição genômica  Efeitos genéticos aditivos  Técnicas de genotipagem  Matriz G 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Bovinos de corte | habilidade de predição | metafundadores | multiracial | relações genômicas | selecao genomica | Seleção genômica

Resumo

Objetiva-se analisar diferentes estratégias para a avaliação de uma metapopulação, composta por várias raças como Nelore, Brahman e Guzerá utilizando o método do passo único genômico BLUP para características de crescimento como peso à desmama (P210) e peso ajustados aos 15 meses de idade (P450). Serão utilizadas informações fenotípicas e genotípicas do programa de melhoramento das raças Nelore (programa Nelore Brasil), Guzerá (programa Guzerá Brasil), Brahman (programa Brahman Brasil) da Associação de Criadores e Pesquisadores (ANCP), Ribeirão Preto, SP. Para as três raças serão utilizadas informações fenotípicas de peso ajustado aos 210 e 450 dias de idade, de fazendas localizadas nas regiões Sudeste, Centro-Oeste e Norte do Brasil. Para as características estudadas há um banco de dados disponível na raça Nelore, com aproximadamente 900.000 e 600.000 observações fenotípicas para P210 (190±32) e P450 (285±58), respectivamente, distribuídos em 294 propriedades. Para as raças Brahman, existe um banco de dados com aproximadamente 150.000 e 130.000 observações fenotípicas para P210 (183±32) e P450 (273±56), respectivamente, distribuídos em 35 propriedades. Para a raça Guzerá, existe um banco de dados com aproximadamente 60.000 e 50.000 observações fenotípicas para P210 (188±36) e P450 (288±65), respectivamente, distribuídos em 25 propriedades. Existe um banco de dados de genótipos de aproximadamente 100 mil animais da raça Nelore que foram genotipados utilizando o painel de baixa densidade SNP Chip ZL5 da Zoetis, que possui aproximadamente 30 mil marcadores do tipo SNP. Para a raça Brahman existe um banco de dados com cerca de 160 animais genotipados com o painel SNP Chip ZL5 e serão genotipados 600 touros com mais de 20 progênies distribuídas em mais de 2 rebanhos para as características P210 e P450. Para a raça Guzerá existe um banco de dados com cerca de 200 animais genotipados com o painel Illumina GeneSeek® Genomic Profiler (GGP) com aproximadamente 30.000 SNPs, e 120 animais genotipados no painel GGP Indicus 35K da empresa Neongen. Para a raça Guzerá serão genotipados os 600 touros mais importantes da raça com mais de 20 progênies distribuídas em mais de 2 rebanhos para as características P210 e P450. Serão avaliadas diferentes estratégias para a obtenção matriz G, implementada no método ssGBLUP, em bovinos da raça Nelore, Guzerá e Brahman, considerando 1) G1: abordagem tradicional (default) do ssGBLUP; 2) G2: a matriz G será centrada nas frequências alélicas específicas de cada raça; 3) G3: A matriz G será centrada e escalada para as frequências alélicas específicas de cada raça. Será avaliado o impacto do uso de diferente número de metafundadores sobre as predições genômicas em análises uni e multicaracterística para P210 e P450 nas raças Nelore, Guzerá e Brahman, por meio viés e habilidade de predição nos animais jovens genotipados. Também, será avaliado o impacto do uso de metafundadores e matrizes genômicas ponderadas sobre os componentes de variância para P210 e P450. Para todas as análises uni e multicaracterística baseadas no pedigree e genômicas, o modelo animal a ser utilizado para a estimação dos componentes de variância e predição dos valores genômicos incluirá os efeitos fixos de grupo de contemporâneos, efeitos genéticos aditivos direto, genético materno, ambiente permanente materno e residuais. Os efeitos genéticos materno e de ambiente permanente materno serão considerados apenas para P210. Os efeitos genéticos materno e de ambiente permanente materno serão não correlacionados. Os resultados do presente projeto permitirão avaliar o impacto da implementação da avaliação genômica multirracial de raças zebuínas de corte utilizando o ssGBLUP em raças com tamanho reduzido da população de referência. (AU)

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