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Analisando dados complexos vinculados a COVID-19 para apoio à tomada de decisão e prognóstico

Processo: 20/07200-9
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de julho de 2020 - 31 de março de 2023
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Metodologia e Técnicas da Computação
Pesquisador responsável:Agma Juci Machado Traina
Beneficiário:Agma Juci Machado Traina
Instituição Sede: Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação (ICMC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
Pesquisadores associados:Caetano Traina Junior ; Diego Armando Cardona Cardenas ; Elaine Parros Machado de Sousa ; José Fernando Rodrigues Júnior ; José Raniery Ferreira Junior ; Leticia Rittner ; Marcel Koenigkam Santos ; Marco Antonio Gutierrez ; Paulo Mazzoncini de Azevedo Marques ; Roberto de Alencar Lotufo ; Robson Leonardo Ferreira Cordeiro
Vinculado ao auxílio:16/17078-0 - Mineração, indexação e visualização de Big Data no contexto de sistemas de apoio à decisão clínica (MIVisBD), AP.TEM
Bolsa(s) vinculada(s):20/12528-3 - Organização de banco de dados e suporte ao aprendizado de máquina para estudos de radiômica de COVID-19, BP.TT
20/14180-4 - Desenvolvimento de marcadores radiográficos quantitativos para Medicina de Precisão de síndromes respiratórias agudas, BP.PD
20/10902-5 - Tratamento de consulta por similaridade em dados incompletos em um SGBD Relacional, BP.TT
Assunto(s):Processamento de imagens  Diagnóstico por imagem  Radiômica  Diagnóstico por computador  Algoritmos  COVID-19  Pandemias  Controle de doenças transmissíveis  SARS-CoV-2  Infecções por Coronavirus  Mineração de dados complexos 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Análise de Dados Complexos | Computer-Aided Diagnosis | Covid-19 | processamento de imagens médicas | Radiômica | sistemas computacionais de apoio ao diagnóstico | Processamento gráfico, bases de dados

Resumo

Este projeto de pesquisa suplementar visa propor, explorar e desenvolver novos métodos e algoritmos a serem usados em processos de tomada de decisão para diagnóstico médico e prognóstico de pacientes no contexto da COVID-19. Estes métodos e algoritmos serão instanciados em sistemas e aplicativos que serão disponibilizados à comunidade científica para apoiar de modo rápido e preciso tal processo de tomada de decisão. Os desafios a serem sobrepujados começam na montagem de bases de dados e imagens provenientes de plataformas distintas e muitas vezes incompletas, e à aplicação da técnica de radiômica sobre imagens de Raio-X (RX) e tomografia computadorizada (TC), com a premissa de que características quantitativas e qualitativas massivas sobre imagens de RX podem trazer a informação necessária ao diagnóstico de COVID-19, do mesmo modo que a TC fornece. A vantagem dessa abordagem que será investigada é o custo menor e a maior disponibilidade de RX, permitindo que mais pacientes sejam beneficiados pelos resultados dessa proposta. Além de disponibilizar material curado e consistente para pesquisas e avanços na área de COVID-19. Além disso, bases de dados e imagens consistentes para pesquisa serão disponibilizadas para a comunidade da área. (AU)

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Publicações científicas (23)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE OLIVEIRA NOVAES, JOAO VICTOR; DUTRA SANTOS, LUCIO FERNANDES; TRAINA, AGMA JUCI MACHADO; TRAINA, CAETANO, JR.; CHIUSANO, S; CERQUITELLI, T; WREMBEL, R. ORTree: Tuning Diversified Similarity Queries by Means of Data Partitioning. ADVANCES IN DATABASES AND INFORMATION SYSTEMS, ADBIS 2022, v. 13389, p. 14-pg., . (16/17078-0, 20/07200-9)
PONCIANO, JEAN R.; LINHARES, CLAUDIO D. G.; ROCHA, LUIS E. C.; FARIA, ELAINE R.; TRAVENCOLO, BRUNO A. N.; ACM. Combining clutter reduction methods for temporal network visualization. 37TH ANNUAL ACM SYMPOSIUM ON APPLIED COMPUTING, v. N/A, p. 8-pg., . (20/10049-0, 16/17078-0, 20/07200-9)
RODRIGUES, LUCAS SANTIAGO; CAZZOLATO, MIRELA TEIXEIRA; MACHADO TRAINA, AGMA JUCI; TRAINA JR, CAETANO; SATOH, S; ZIMEK, A; BARTOLINI, I; JONSSON, BP; VADICAMO, L; CARRARA, F; et al. Taking Advantage of Highly-Correlated Attributes in Similarity Queries with Missing Values. SIMILARITY SEARCH AND APPLICATIONS, SISAP 2020, v. 12440, p. 9-pg., . (20/07200-9, 18/24414-2, 16/17078-0, 20/10902-5)
COSTA, MARCUS V. L.; DE AGUIAR, ERIKSON J.; RODRIGUES, LUCAS S.; RAMOS, JONATHAN S.; TRAINA, CAETANO, JR.; TRAINA, AGMA J. M.; ALMEIDA, JR; SPILIOPOULOU, M; ANDRADES, JAB; PLACIDI, G; et al. A Deep Learning-based Radiomics Approach for COVID-19 Detection from CXR Images using Ensemble Learning Model. 2023 IEEE 36TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON COMPUTER-BASED MEDICAL SYSTEMS, CBMS, v. N/A, p. 6-pg., . (16/17078-0, 20/07200-9, 21/08982-3)
MILON-FLORES, DANIELA F.; CORDEIRO, ROBSON L. F.. How to take advantage of behavioral features for the early detection of grooming in online conversations. KNOWLEDGE-BASED SYSTEMS, v. 240, p. 29-pg., . (20/07200-9, 16/17078-0, 18/05714-5)
SPADON, GABRIEL; HONG, SHENDA; BRANDOLI, BRUNO; MATWIN, STAN; RODRIGUES-JR, JOSE F.; SUN, JIMENG. Pay Attention to Evolution: Time Series Forecasting With Deep Graph-Evolution Learning. IEEE TRANSACTIONS ON PATTERN ANALYSIS AND MACHINE INTELLIGENCE, v. 44, n. 9, p. 17-pg., . (16/17078-0, 20/07200-9, 18/17620-5, 17/08376-0, 14/25337-0, 19/04461-9)
CLEMENTINO JR, JOSE M.; BONES, CHRISTIAN C.; FAICAL, BRUNO S.; LINARES, OSCAR C.; LIMA, DANIEL M.; GUTIERREZ, MARCO A.; TRAINA JR, CAETANO; TRAINA, AGMA J. M.; DEHERRERA, AGS; GONZALEZ, AR; et al. Bag-of-Attributes Representation: a Vector Space Model for Electronic Health Records Analysis in OMOP. 2020 IEEE 33RD INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON COMPUTER-BASED MEDICAL SYSTEMS(CBMS 2020), v. N/A, p. 6-pg., . (18/06228-7, 16/17078-0, 20/07200-9, 19/04660-1, 18/06074-0)
LINARES, OSCAR CUADROS; SORIANO-VARGAS, AUREA AUREA; FAICAL, BRUNO S.; HAMANN, BERND; FABRO, ALEXANDRE T.; TRAINA, AGMA J. M.; DEHERRERA, AGS; GONZALEZ, AR; SANTOSH, KC; TEMESGEN, Z; et al. Efficient Segmentation of Cell Nuclei in Histopathological Images. 2020 IEEE 33RD INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON COMPUTER-BASED MEDICAL SYSTEMS(CBMS 2020), v. N/A, p. 6-pg., . (16/17078-0, 18/06228-7, 18/06074-0, 20/07200-9)
LINHARES, CLAUDIO D. G.; LIMA, DANIEL M.; PONCIANO, JEAN R.; OLIVATTO, MAURO M.; GUTIERREZ, MARCO A.; POCO, JORGE; TRAINA JR, CAETANO; TRAINA, AGMA J. M.. ClinicalPath: A Visualization Tool to Improve the Evaluation of Electronic Health Records in Clinical Decision-Making. IEEE TRANSACTIONS ON VISUALIZATION AND COMPUTER GRAPHICS, v. 29, n. 10, p. 16-pg., . (20/10049-0, 16/17078-0, 20/07200-9)
BRANDOLI, BRUNO; DE GEUS, ANDRE R.; SOUZA, JEFFERSON R.; SPADON, GABRIEL; SOARES, AMILCAR; RODRIGUES, JR., JOSE F.; KOMOROWSKI, JERZY; MATWIN, STAN. Aircraft Fuselage Corrosion Detection Using Artificial Intelligence. SENSORS, v. 21, n. 12, . (17/08376-0, 18/17620-5, 19/04461-9, 20/07200-9, 16/17078-0, 14/25337-0)
CAZZOLATO, MIRELA T.; RAMOS, JONATHAN S.; RODRIGUES, LUCAS S.; SCABORA, LUCAS C.; CHINO, DANIEL Y. T.; JORGE, ANA E. S.; DE AZEVEDO-MARQUES, PAULO MAZZONCINI; JR, CAETANO TRAINA; TRAINA, AGMA J. M.. The UTrack framework for segmenting and measuring dermatological ulcers through telemedicine. COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE, v. 134, . (18/24414-2, 16/17078-0, 16/17330-1, 20/07200-9, 20/11258-2, 20/10902-5)
GIUNTINI, FELIPE TALIAR; DE MORAES, KAUE L.; CAZZOLATO, MIRELA T.; KIRCHNER, LUZIANE DE FATIMA; DOS REIS, MARIA DE JESUS D.; TRAINA, AGMA J. M.; CAMPBELL, ANDREW T.; UEYAMA, JO. Modeling and Assessing the Temporal Behavior of Emotional and Depressive User Interactions on Social Networks. IEEE ACCESS, v. 9, p. 93182-93194, . (13/07375-0, 20/11258-2, 18/24414-2, 18/17335-9, 16/17078-0, 20/07200-9)
GIUNTINI, FELIPE TALIAR; DE MORAES, KAUE L. P.; CAZZOLATO, MIRELA T.; KIRCHNER, LUZIANE DE FATIMA; DOS REIS, MARIA DE JESUS D.; TRAINA, AGMA J. M.; CAMPBELL, ANDREW T.; UEYAMA, JO. Tracing the Emotional Roadmap of Depressive Users on Social Media Through Sequential Pattern Mining. IEEE ACCESS, v. 9, p. 97621-97635, . (18/24414-2, 20/07200-9, 13/07375-0, 16/17078-0, 20/11258-2, 18/17335-9)
CLEMENTINO, JOSE M., JR.; FAICAL, BRUNO S.; BONES, CHRISTIAN C.; TRAINA, CAETANO, JR.; GUTIERREZ, MARCO A.; TRAINA, AGMA J. M.; ALMEIDA, JR; GONZALEZ, AR; SHEN, L; KANE, B; et al. Multilevel Clustering Explainer: An Explainable Approach to Electronic Health Records. 2021 IEEE 34TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON COMPUTER-BASED MEDICAL SYSTEMS (CBMS), v. N/A, p. 6-pg., . (20/07200-9, 16/17078-0, 18/06074-0, 19/04660-1, 18/06228-7)
MARCOMINI, KAREM DAIANE; CARDONA CARDENAS, DIEGO ARMANDO; MACHADO TRAINA, AGMA JUCI; KRIEGER, JOSE EDUARDO; GUTIERREZ, MARCO ANTONIO; DRUKKER, K; IFTEKHARUDDIN, KM. A deep learning approach for COVID-19 screening and localization on Chest X-Ray images. MEDICAL IMAGING 2022: COMPUTER-AIDED DIAGNOSIS, v. 12033, p. 9-pg., . (20/07200-9, 16/17078-0, 20/14180-4)
DE AGUIAR, ERIKSON J.; MARCOMINI, KAREM D.; QUIRINO, FELIPE A.; GUTIERREZ, MARCO A.; TRAINA, CAETANO, JR.; TRAINA, AGMA J. M.; DRUKKER, K; IFTEKHARUDDIN, KM. Evaluation of the impact of physical adversarial attacks on deep learning models for classifying covid cases. MEDICAL IMAGING 2022: COMPUTER-AIDED DIAGNOSIS, v. 12033, p. 7-pg., . (20/07200-9, 16/17078-0, 20/14180-4)
ALVES, MATHEUS A. C.; CORDEIRO, ROBSON L. F.. Effective and unburdensome forecast of highway traffic flow with adaptive computing. KNOWLEDGE-BASED SYSTEMS, v. 212, . (20/07200-9, 18/05714-5, 16/17078-0)
RODRIGUES, LUCAS S.; VESPA, THIAGO G.; ELEUTERIO, IGOR A. R.; OLIVEIRA, WILLIAN D.; TRAINA, AGMA J. M.; TRAINA JR, CAETANO; GROEN, D; DEMULATIER, C; PASZYNSKI, M; KRZHIZHANOVSKAYA, VV; et al. MiDaS: Extract Golden Results from Knowledge Discovery Even over Incomplete Databases. COMPUTATIONAL SCIENCE, ICCS 2022, PT IV, v. N/A, p. 15-pg., . (16/17078-0, 20/10902-5, 20/07200-9)
LINHARES, CLAUDIO D. G.; LIMA, DANIEL M.; BONES, CHRISTIAN C.; REBELO, MARINA F. S.; GUTIERREZ, MARCO A.; TRAINA JR, CAETANO; TRAINA, AGMA J. M.; ALMEIDA, JR; GONZALEZ, AR; SHEN, L; et al. I-CovidVis - A Visual Analytics Tool for Interoperable Healthcare Databases using Graphs. 2021 IEEE 34TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON COMPUTER-BASED MEDICAL SYSTEMS (CBMS), v. N/A, p. 6-pg., . (20/07200-9, 16/17078-0, 19/04660-1, 20/10049-0)
DE AGUIAR, ERIKSON J.; COSTA, MARCUS V. L.; TRAINA-, CAETANO, JR.; TRAINA, AGORA J. M.; ALMEIDA, JR; SPILIOPOULOU, M; ANDRADES, JAB; PLACIDI, G; GONZALEZ, AR; SICILIA, R; et al. Assessing Vulnerabilities of Deep Learning Explainability in Medical Image Analysis Under Adversarial Settings. 2023 IEEE 36TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON COMPUTER-BASED MEDICAL SYSTEMS, CBMS, v. N/A, p. 4-pg., . (16/17078-0, 20/07200-9, 21/08982-3)
CAZZOLATO, MIRELA T.; RAMOS, JONATHAN S.; RODRIGUES, LUCAS S.; SCABORA, LUCAS C.; CHINO, DANIEL Y. T.; JORGE, ANA E. S.; DE AZEVEDO-MARQUES, PAULO MAZZONCINI; TRAINA JR, CAETANO; TRAINA, AGMA J. M.; DEHERRERA, AGS; et al. Semi-Automatic Ulcer Segmentation and Wound Area Measurement Supporting Telemedicine. 2020 IEEE 33RD INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON COMPUTER-BASED MEDICAL SYSTEMS(CBMS 2020), v. N/A, p. 6-pg., . (16/17078-0, 20/07200-9, 17/23780-2, 18/24414-2, 16/17330-1)
RAMOS, JONATHAN S.; MACIEL, JAMILLY G.; CAZZOLATO, MIRELA T.; TRAINA JR, CAETANO; NOGUEIRA-BARBOSA, MARCELLO H.; TRAINA, AGMA J. M.; ALMEIDA, JR; GONZALEZ, AR; SHEN, L; KANE, B; et al. BEAUT: a radiomic approach to identify potential lumbar fractures in magnetic resonance imaging. 2021 IEEE 34TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON COMPUTER-BASED MEDICAL SYSTEMS (CBMS), v. N/A, p. 6-pg., . (20/11258-2, 17/23780-2, 20/07200-9, 16/17078-0, 18/04266-9)
CAZZOLATO, MIRELA T.; TRAINA, AGMA J. M.; BOHM, KLEMENS. Establishing trajectories of moving objects without identities: The intricacies of cell tracking and a solution. INFORMATION SYSTEMS, v. 105, . (20/11258-2, 16/17078-0, 20/07200-9, 18/24414-2)

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