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Biologia integrativa aplicada à saúde humana

Processo: 18/14933-2
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores - Fase 2
Vigência: 01 de maio de 2019 - 30 de abril de 2024
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:Helder Takashi Imoto Nakaya
Beneficiário:Helder Takashi Imoto Nakaya
Instituição Sede: Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein (IIEPAE). Sociedade Beneficente Israelita Brasileira Albert Einstein (SBIBAE). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores associados:Esper Georges Kallás ; Fernando Augusto Bozza ; Frederico Moraes Ferreira ; Luciano da Fontoura Costa ; Luis Carlos de Souza Ferreira ; Mario Hiroyuki Hirata ; Paola Marcella Camargo Minoprio ; Patricia Cristina Baleeiro Beltrão Braga ; Ricardo Tostes Gazzinelli ; Sergio Schenkman ; Vanderson de Souza Sampaio
Vinculado ao auxílio:12/19278-6 - Biologia de sistemas de longos RNAs não-codificadores, AP.JP
Auxílios(s) vinculado(s):19/16444-1 - Aplicação da imunologia de sistemas para a resolução dos mecanismos de proteção contra a Peste Suína Clássica induzida por vacina, AP.R SPRINT
Bolsa(s) vinculada(s):23/09291-0 - Predição de alterações estruturais em citocinas causadas por mutações pontuais utilizando AlphaFold2 e Dinâmica Molecular para Vacinologia de Precisão, BP.PD
20/12017-9 - Aprendizado de máquina para interpretação de análise de imagens microscópicas, BP.PD
20/05284-0 - Interação de microrganismos e hospedeiros humanos associados ao desfecho clínico de pacientes com doenças infecciosas, BP.DD
 + mais bolsas vinculadas 19/27139-5 - Aplicação de ferramentas genômicas para o estudo de bases de dados epidemiológicos, BP.DD
19/27146-1 - Integração de dados de transcriptoma com dados clínicos e imunológicos, BP.DD
19/16419-7 - Estudo da transmissão de doenças usando celular de pessoas infectadas, BP.DD - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Imunologia  Epidemiologia  Biologia computacional  Biologia de sistemas 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:bioinformática | biologia de sistemas | Epidemiologia | Imunologia | integração de dados | Biologia de Sistemas

Resumo

Dados relacionados com a saúde humana, desde informações clínicas e epidemiológicas até imagens médicas e experimentos ômicos, estão sendo gerados e acumulados em uma quantidade sem precedentes na história. A análise e integração destas informações são fundamentais para melhorar nosso entendimento sobre a fisiopatologia das doenças, sua transmissão, assim como seu diagnóstico e tratamento. Este projeto propõe abordagens inovadoras para: analisar imensas bases de dados epidemiológicos; mapear hotspots de transmissão de doenças; integrar dados de transcritoma com dados clínicos e imunológicos; e usar aprendizado de máquina para interpretação e análise de imagens microscópicas. Técnicas atuais e modernas de análises de biologia de sistemas e aprendizado de máquina serão utilizadas e até mesmo desenvolvidas para cada abordagem, levando em conta os fundamentos da biologia integrativa. Espera-se que os resultados do projeto possam esclarecer diversos problemas relacionados à saúde humana, da análise automática de lâminas microscópicas até os mecanismos moleculares de doenças infecciosas e inflamatórias. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Revista Pesquisa FAPESP sobre o auxílio::
Aplicativo para localizar enfermidades 
Uma doença assustadora 
Os danos do coronavírus 
Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
TITULO 
Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (0 total):
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Publicações científicas (25)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
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JIMENEZ, LEANDRO; CODO, ANA CAMPOS; SAMPAIO, VANDERSON DE SOUZA; OLIVEIRA, ANTONIO E. R.; KOBO FERREIRA, LUCAS KAORU; DAVANZO, GUSTAVO GASTAO; MONTEIRO, LAUAR DE BRITO; VIRGILIO-DA-SILVA, JOAO VICTOR; SILVA BORBA, MAYLA GABRIELA; DE SOUZA, GABRIELA FABIANO; et al. Acid pH Increases SARS-CoV-2 Infection and the Risk of Death by COVID-19. FRONTIERS IN MEDICINE, v. 8, . (18/14933-2, 20/04836-0)
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CANDIDO, DARLAN S.; CLARO, INGRA M.; DE JESUS, JAQUELINE G.; SOUZA, WILLIAM M.; MOREIRA, FILIPE R. R.; DELLICOUR, SIMON; MELLAN, THOMAS A.; DU PLESSIS, LOUIS; PEREIRA, RAFAEL H. M.; SALES, FLAVIA C. S.; et al. Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil. Science, v. 369, n. 6508, SI, p. 1255+, . (20/04558-0, 16/00194-8, 19/21301-5, 18/14389-0, 18/14933-2, 17/13981-0, 20/04836-0, 18/25468-9, 16/18445-7, 18/09383-3, 18/17176-8, 19/12000-1, 19/07544-2, 19/24251-9)
ARIAS-CARRASCO, RAUL; GIDDALURU, JEEVAN; CARDOZO, LUCAS E.; MARTINS, FELIPE; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, HELDER I.. OUTBREAK: a user-friendly georeferencing online tool for disease surveillance. Biological Research, v. 54, n. 1, . (18/14933-2, 13/08216-2, 19/16419-7, 18/21934-5, 17/50137-3)
ARAUJO, JOSE DENEY; SANTOS-E-SILVA, JUAN CARLO; COSTA-MARTINS, ANDRE GUILHERME; SAMPAIO, VANDERSON; CASTRO, DANIEL BARROS DE; SOUZA, ROBSON F. DE; GIDDALURU, JEEVAN; RAMOS, PABLO IVAN P.; PITA, ROBESPIERRE; BARRETO, MAURICIO L.; et al. Tucuxi-BLAST: Enabling fast and accurate record linkage of large-scale health-related administrative databases through a DNA-encoded approach. PeerJ, v. 10, p. 17-pg., . (18/14933-2, 19/27139-5)
LUBIANA, TIAGO; LOPES, RAFAEL; MEDEIROS, PEDRO; SILVA, JUAN CARLO; GONCALVES, ANDRE NICOLAU AQUIME; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, HELDER I.. Ten quick tips for harnessing the power of ChatGPT in computational biology. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, v. 19, n. 8, p. 9-pg., . (19/27139-5, 19/26284-1, 18/14933-2)
PINTO, BRUNA G. G.; OLIVEIRA, ANTONIO E. R.; SINGH, YOUVIKA; JIMENEZ, LEANDRO; GONCALVES, ANDRE N. A.; OGAVA, RODRIGO L. T.; CREIGHTON, RACHEL; SCHATZMANN PERON, JEAN PIERRE; NAKAYA, I, HELDER. ACE2 Expression Is Increased in the Lungs of Patients With Comorbidities Associated With Severe COVID-19. Journal of Infectious Diseases, v. 222, n. 4, p. 556-563, . (12/19278-6, 18/14933-2, 18/21934-5, 13/08216-2, 17/50137-3)
BRANDAO, W. N.; DE OLIVEIRA, M. G.; ANDREONI, R. T.; NAKAYA, H.; FARIAS, A. S.; PERON, J. P. S.. Neuroinflammation at single cell level: What is new?. Journal of Leukocyte Biology, v. 108, n. 4, p. 9-pg., . (17/22504-1, 13/08216-2, 18/14933-2, 19/06372-3, 17/21363-5, 17/26170-0, 12/19278-6, 17/50137-3, 18/21934-5)
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CAFUNDO MORAIS, MAURO CESAR; SILVA, DIOGO; MILAGRE, MATHEUS MARQUES; DE OLIVEIRA, MAYKON TAVARES; PEREIRA, THAIS; SILVA, JOAO SANTANA; COSTA, LUCIANO DA F.; MINOPRIO, PAOLA; CESAR JUNIOR, ROBERTO MARCONDES; GAZZINELLI, RICARDO; et al. Automatic detection of the parasite Trypanosoma cruzi in blood smears using a machine learning approach applied to mobile phone images. PeerJ, v. 10, p. 19-pg., . (20/12017-9, 18/14933-2)
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GONCALVES, ANDRE N. A.; LEVER, MELISSA; RUSSO, PEDRO S. T.; GOMES-CORREIA, BRUNO; URBANSKI, ALYSSON H.; POLLARA, GABRIELE; NOURSADEGHI, MAHDAD; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, I, HELDER. Assessing the Impact of Sample Heterogeneity on Transcriptome Analysis of Human Diseases Using MDP Webtool. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, . (13/08216-2, 12/19278-6, 18/14933-2)
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