Auxílio à pesquisa 18/08631-3 - Sequenciamento de nova geração, Microbiologia - BV FAPESP
Busca avançada
Ano de início
Entree

Composição e diversidade da comunidade bacteriana no reservatório de Billings através do sequenciamento de nova geração do gene 16S rRNA

Processo: 18/08631-3
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Ecologia - Ecologia de Ecossistemas
Pesquisador responsável:Sabri Saeed Mohammed Ahmed Al-Sanabani
Beneficiário:Sabri Saeed Mohammed Ahmed Al-Sanabani
Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Sequenciamento de nova geração  Microbiologia  RNA ribossômico 16S 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:sequenciamento de nova geração | 16S rRNA | Microbiologia

Resumo

O complexo Billings é a maior instalação de armazenamento de água na região metropolitana de São Paulo, indispensável para geração de energia e abastecimento de água para cerca de 5,4 milhões de pessoas. Como tal, o reservatório também expôs a pressão significativa de atividades antropogênicas, urbanização descontrolada e infraestrutura inadequada de saneamento que causa séria degradação das águas superficiais neste reservatório. Definitivamente, a matéria orgânica desempenha um papel importante nesse ecossistema, tanto no fornecimento de energia para a rede alimentar quanto na modificação da qualidade da água. A transformação, a degradação e a produção interna de matéria orgânica são amplamente mediadas por microorganismos e, portanto, é de grande interesse em aprender mais sobre a ecologia e a função desses atores chave mais abundantes nos ecossistemas de reservatórios. O principal foco desse projeto é, assim, caracterizar a diversidade microbiana e determinar o padrão de variação espaciotemporal na comunidade microbiana do reservatório Billings. Para abordar este objetivo, um levantamento de um ano da população de DNA bacteriano a partir da água de superfície, será determinado a partir de 29 pontos através do reservatório de Billings usando o sequenciamento próxima geração Illumina, do gene bacteriano 16S rRNA. As amostras de superfície serão coletadas a cada dois meses. A mesma abordagem metagenômica, baseada em genes de 16S rRNA, será usada para investigar a bactéria do reservatório Billings de uma única coleção de amostras de águas de profundidade dos mesmos 29 pontos. Diferentes ferramentas de bioinformática serão usadas para processar e analisar a abundância relativa de grupos taxonômicos, unidades taxonômicas operacionais, potenciais agentes patogênicos oportunistas, estimar potencial de contaminação e predição de perfis metabólicos. Além disso, na dominância detectada das linhagens de cianobactérias em nosso estudo piloto, pretendemos realizar uma abordagem metagenômica para identificação da maquinaria genética usada para sintetizar cianotoxinas e reconstruir todo o genoma da cianobactéria tóxica da Billings.Acreditamos que este trabalho irá fornecer suporte para futuros desenvolvimentos no monitoramento da qualidade da água, ambos diretamente dos dados das sequencias geradas, que poderiam ser usados para identificar biomarcadores de seqüência de DNA, indicando condições de qualidade e, indiretamente, fornecendo o desenvolvimento de futuros estudos de qualidade da água.Palavras chave: Sequenciamento, 16S rRNA, Microbioma (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Mais itensMenos itens
Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias ( ):
Mais itensMenos itens
VEICULO: TITULO (DATA)
VEICULO: TITULO (DATA)

Publicações científicas (7)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE-SOUSA, THAMIRES RODRIGUES; PESSOA, RODRIGO; NASCIMENTO, ANDREZZA; FAGUNDES, BEATRIZ OLIVEIRA; SGNOTTO, FABIO DA RESSUREICAO; DA SILVA DUARTE, ALBERTO JOSE; SANABANI, SABRI SAEED; VICTOR, JEFFERSON RUSSO. Preconceptional Immunization Can Modulate Offspring Intrathymic IL-17-Producing gamma delta T Cells with Epigenetic Implications Mediated by microRNAs. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 22, n. 12, . (18/05181-7, 18/08631-3)
MARCONDES, MARTA ANGELA; NASCIMENTO, ANDREZZA; PESSOA, RODRIGO; VICTOR, JEFFERSON RUSSO; DUARTE, ALBERTO JOSE DA SILVA; CLISSA, PATRICIA BIANCA; SANABANI, SABRI SAEED. Characterization of Bacterial Communities from the Surface and Adjacent Bottom Layers of Water in the Billings Reservoir. LIFE-BASEL, v. 12, n. 8, p. 17-pg., . (18/08631-3)
NASCIMENTO, ANDREZZA; ZYCHAR, BIANCA CESTARI; PESSOA, RODRIGO; DA SILVA DUARTE, ALBERTO JOSE; CLISSA, PATRICIA BIANCA; SANABANI, SABRI SAEED. Altered RNome expression in Murine Gastrocnemius Muscle following Exposure to Jararhagin, a Metalloproteinase from Bothrops jararaca Venom. TOXINS, v. 14, n. 7, p. 13-pg., . (18/08631-3)
FAGUNDES, BEATRIZ OLIVEIRA; DE SOUSA, THAMIRES RODRIGUES; NASCIMENTO, ANDREZZA; FERNANDES, LORENA ABREU; SGNOTTO, FABIO DA RESSUREICAO; ORFALI, RAQUEL LEAO; AOKI, VALERIA; DUARTE, ALBERTO JOSE DA SILVA; SANABANI, SABRI SAEED; VICTOR, JEFFERSON RUSSO. IgG from Adult Atopic Dermatitis (AD) Patients Induces Nonatopic Neonatal Thymic Gamma-Delta T Cells (gamma delta T) to Acquire IL-22/IL-17 Secretion Profile with Skin-Homing Properties and Epigenetic Implications Mediated by miRNA. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 23, n. 12, p. 16-pg., . (18/05181-7, 18/08631-3, 19/09741-0)
DE SOUSA, THAMIRES RODRIGUES; FAGUNDES, BEATRIZ OLIVEIRA; NASCIMENTO, ANDREZZA; FERNANDES, LORENA ABREU; SGNOTTO, FABIO DA RESSUREICAO; ORFALI, RAQUEL LEAO; AOKI, VALERIA; DA SILVA DUARTE, ALBERTO JOSE; SANABANI, SABRI SAEED; VICTOR, JEFFERSON RUSSO. IgG from Adult Atopic Dermatitis (AD) Patients Induces Thymic IL-22 Production and CLA Expression on CD4+T Cells: Possible Epigenetic Implications Mediated by miRNA. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 23, n. 12, p. 18-pg., . (18/08631-3, 19/09741-0, 18/05181-7)
GODOY, RAFAELA GARRIDO; MARCONDES, MARTA ANGELA; PESSOA, RODRIGO; NASCIMENTO, ANDREZZA; VICTOR, JEFFERSON RUSSO; DA SILVA DUARTE, ALBERTO JOSE; CLISSA, PATRICIA BIANCA; SANABANI, SABRI SAEED. Bacterial community composition and potential pathogens along the Pinheiros River in the southeast of Brazil. SCIENTIFIC REPORTS, v. 10, n. 1, . (18/08631-3)
NASCIMENTO, ANDREZZA; VALADAO DE SOUZA, DANIELA RAGUER; PESSOA, RODRIGO; PIETROBON, ANNA JULIA; NUKUI, YOUKO; PEREIRA, JULIANA; CASSEB, JORGE; PENALVA DE OLIVEIRA, AUGUSTO CESAR; LOUREIRO, PAULA; DA SILVA DUARTE, ALBERTO JOSE; et al. Global expression of noncoding RNome reveals dysregulation of small RNAs in patients with HTLV-1-associated adult T-cell leukemia: a pilot study. INFECTIOUS AGENTS AND CANCER, v. 16, n. 1, . (18/08631-3)

Por favor, reporte erros na lista de publicações científicas utilizando este formulário.
X

Reporte um problema na página


Detalhes do problema: