Busca avançada
Ano de início
Entree

Desenvolvimento de uma plataforma computacional modular extensível para análises de experimentos de metabolômica e metagenômica: inovando com a descoberta de novas atividades enzimáticas e produtos naturais de interesse farmacêutico derivados

Processo: 17/18922-2
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Jovens Pesquisadores
Vigência: 01 de março de 2019 - 29 de fevereiro de 2024
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Farmácia - Farmacognosia
Pesquisador responsável:Ricardo Roberto da Silva
Beneficiário:Ricardo Roberto da Silva
Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Pesquisadores associados:Norberto Peporine Lopes
Bolsa(s) vinculada(s):22/15042-0 - Monitoramento do metaboloma em co-culturas microbianas utilizando hardware e software customizados, BP.IC
21/08235-3 - Desvendando a lógica evolutiva e estrutura do resistoma marinho: uma abordagem com aprendizado estruturado profundo para descoberta de restrições evolutivas, BP.DR
21/14237-9 - Desenvolvimento de um molde de aplicações web para criação e administração de bases de dados de produtos naturais da biodiversidade local, BP.MS
+ mais bolsas vinculadas 21/03368-5 - Criação de uma biblioteca de suporte para aplicações web customizadas para esfingolipídeos em câncer de cabeça e pescoço, BP.IC
20/10351-9 - Criação d uma biblioteca de representação dinâmica de sumários de estatísticas multivariadas utilizando tecnologias web, BP.IC
19/18378-6 - Módulo auxiliar à descoberta de estruturas químicas na literatura: mineração de textos, BP.IC
19/05026-4 - Desenvolvimento de uma plataforma computacional modular extensível para análises de experimentos de metabolômica e metagenômica: Inovando com a descoberta de novas atividades enzimáticas e produtos naturais de interesse farmacêutico derivados, AP.BTA.JP - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Biologia computacional  Metabolômica  Metagenômica  Produtos naturais  Quimiometria  Plataforma (computação) 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:bioinformática | Metabolomica | metagenômica | Produtos Naturais | quimioinformática | Quimiometria | Bioinformática, Quimioinformática, Quimiometria, Metabolômica

Resumo

A evolução no volume de dados gerados nos experimentos modernos de ciências ômicas tem suscitado o desenvolvimento de novos métodos analíticos para explorar conjuntos complexos de dados multidimensionais. Ao mesmo tempo que os novos experimentos disponíveis apresentam desafios conceituais, a recente disponibilidade de um grande número de dados experimentais públicos fornece pela primeira vez a oportunidade de aplicar as tecnologias desenvolvidas em outros campos para o manejo de megadados (Big Data). Esta possibilidade vem de encontro à demanda nacional por uma plataforma comunitária para análise e gerenciamento de grandes conjuntos de dados, explorando o potencial da biodiversidade brasileira para a descoberta de produtos naturais com aplicações farmacêuticas. Estima-se que 60% de todos os medicamentos atualmente registrados tenham um produto natural envolvido no seu desenvolvimento e que a biodiversidade brasileira corresponda a cerca de 20% da biodiversidade mundial. Análises baseadas em megadados possibilitam a detecção de correlações entre as variáveis amostradas (e.g. metabólitos) e o estado do sistema em estudo (e.g. paciente sadio versus paciente doente), que não podiam ser observadas com a profundidade e detalhamento com que os sistemas eram analisados anteriormente. Recentemente diversos métodos de predição de vias biossintéticas de produtos naturais foram automatizados e se tornaram disponíveis publicamente. A validação em larga escala dessas predições foi demonstrada através da aplicação da metabolômica não-direcionada combinada a superexpressão em larga escala de proteínas e utilização de lisados celulares para a descoberta de novas atividades enzimáticas e novas estruturas de metabólitos. Esta abordagem é relativamente simples e de baixo custo, e apresenta um grande potencial biotecnológico. Dentro deste contexto, o presente projeto tem por objetivo a extensão de uma instância da plataforma Galaxy para análise de experimentos de ciências ômicas. O fluxo de análises contará com módulos originais para otimização da detecção de íons em experimentos de metabolômica não direcionada, pareando a descoberta de vias biossintéticas e novas estruturas de produtos naturais. Essa infraestrutura será utilizada para suportar colaborações estratégicas implementando uma plataforma de expressão heteróloga em microrganismos. Para potencializar o uso comunitário da plataforma, explorando o uso de análises de estatística multivariada aplicadas para diferentes sistemas biológicos a presente proposta prevê a integração a dois Projetos Temáticos da FAPESP ligados ao Biota. Um deles fornecendo suporte em espectrometria de massas, coordenado pelo Prof. Dr. Norberto Peporine Lopes e outro sobre bioprospecção de produtos naturais marinhos coordenados pela Prof. Dra. Letícia Veras Costa Lotufo. Visando ampliar o projeto para o reino vegetal iniciamos também uma interação com o Projeto do Programa SPEC da FAPESP coordenado pelo Prof. Dr. Jonathan James Lloyd que visa um estudo de grande amostragem experimental sobre o Bioma negligenciado da Caatinga. Essas interações permitirão um acesso a uma diversa coleção de megadados que somadas aos experimentos aqui propostos serão utilizadas para validar uma plataforma integrando recursos digitais em múltiplas camadas. Esta abordagem introduz um manejo racional de hardware e a implementação flexível de software sob demanda que deverá criar uma nova linha de pesquisa que beneficiará a estrutura de pesquisa da Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP-USP). (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (0 total):
Mais itensMenos itens
VEICULO: TITULO (DATA)
VEICULO: TITULO (DATA)

Publicações científicas (12)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
KONG, YA-SHUAI; REN, HONG-YU; LIU, RUI; DA SILVA, RICARDO R.; AKSENOV, ALEXANDER A.; V. MELNIK, ALEXEY; ZHAO, MING; LE, MIAO-MIAO; REN, ZHI-WEI; XU, FENG-QING; et al. Microbial and Nonvolatile Chemical Diversities of Chinese Dark Teas Are Differed by Latitude and Pile Fermentation. Journal of Agricultural and Food Chemistry, v. 70, n. 18, p. 14-pg., . (19/05026-4, 17/18922-2)
DOS SANTOS, ANCELY F.; INAGUE, ALEX; ARINI, GABRIEL S.; TERRA, LETICIA F.; WAILEMANN, ROSANGELA A. M.; PIMENTEL, ANDRE C.; YOSHINAGA, MARCOS Y.; SILVA, RICARDO R.; SEVERINO, DIVINOMAR; DE ALMEIDA, DARIA RAQUEL Q.; et al. Distinct photo-oxidation-induced cell death pathways lead to selective killing of human breast cancer cells. CELL DEATH & DISEASE, v. 11, n. 12, . (19/09517-2, 17/13804-1, 19/05026-4, 16/04676-7, 17/23914-9, 17/18922-2, 17/03618-6, 15/02654-3, 13/07937-8)
FAEDO, RAQUEL ROMAN; DA SILVA, GABRIEL; DA SILVA, RODRIGO MOREIRA; USHIDA, TATIANE RESENDE; DA SILVA, RICARDO ROBERTO; LACCHINI, RICCARDO; MATOS, LEANDRO LUONGO; KOWALSKI, LUIZ PAULO; LOPES, NOBERTO PEPORINE; LEOPOLDINO, ANDREIA MACHADO. Sphingolipids signature in plasma and tissue as diagnostic and prognostic tools in oral squamous cell carcinoma. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-MOLECULAR AND CELL BIOLOGY OF LIPIDS, v. 1867, n. 1, . (17/18922-2, 18/17480-9, 16/19103-2, 19/05026-4, 18/03278-3)
DA COSTA, BRUNO RUIZ BRANDAO; DA SILVA, RICARDO ROBERTO; BIGAO, VITOR LUIZ CALEFFO PIVA; PERIA, FERNANDA MARIS; DE MARTINIS, BRUNO SPINOSA. Hybrid volatilomics in cancer diagnosis by HS-GC-FID fingerprinting. JOURNAL OF BREATH RESEARCH, v. 17, n. 2, p. 15-pg., . (19/05026-4, 20/02207-5, 17/18922-2)
TAMASCO, GUSTAVO; KUMAR, MANISH; ZENGLER, KARSTEN; SILVA-ROCHA, RAFAEL; DA SILVA, RICARDO ROBERTO. ChiMera: an easy to use pipeline for bacterial genome based metabolic network reconstruction, evaluation and visualization. BMC Bioinformatics, v. 23, n. 1, p. 13-pg., . (17/18934-0, 17/18922-2, 19/05026-4, 19/15675-0)
DE ALMEIDA, DARIA R. Q.; DOS SANTOS, ANCELY F.; WAILEMANN, ROSANGELA A. M.; TERRA, LETICIA F.; GOMES, VINICIUS M.; ARINI, GABRIEL S.; BERTOLDI, ESTER R. M.; REIS, EDUARDO M.; BAPTISTA, MAURICIO S.; LABRIOLA, LETICIA. Necroptosis activation is associated with greater methylene blue-photodynamic therapy-induced cytotoxicity in human pancreatic ductal adenocarcinoma cells. PHOTOCHEMICAL & PHOTOBIOLOGICAL SCIENCES, v. N/A, p. 16-pg., . (17/18922-2, 17/13804-1, 19/05026-4, 15/02654-3, 16/04676-7, 17/03618-6, 19/09517-2, 13/07937-8)
BORELLI, TIAGO CABRAL; ARINI, GABRIEL SANTOS; FEITOSA, LUIS G. P.; DORRESTEIN, PIETER C.; LOPES, NORBERTO PEPORINE; DA SILVA, RICARDO R.. Improving annotation propagation on molecular networks through random walks: introducing ChemWalker. Bioinformatics, v. 39, n. 3, p. 2-pg., . (21/08235-3, 20/02207-5, 17/18922-2, 19/05026-4, 21/10401-9)
LEO, TIAGO F.; WANG, MINGXUN; DA SILVA, RICARDO; GUREVICH, ALEXEY; BAUERMEISTER, ANELIZE; GOMES, PAULO WENDER P.; BREJNROD, ASKER; GLUKHOV, EVGENIA; ARON, ALLEGRA T.; LOUWEN, JORIS J. R.; et al. NPOmix: A machine learning classifier to connect mass spectrometry fragmentation data to biosynthetic gene clusters. PNAS NEXUS, v. 1, n. 5, p. 15-pg., . (17/18922-2, 19/05026-4)
KAZANDJIAN, T. D.; PETRAS, D.; ROBINSON, S. D.; VAN THIEL, J.; GREENE, H. W.; ARBUCKLE, K.; BARLOW, A.; CARTER, D. A.; WOUTERS, R. M.; WHITELEY, G.; et al. Convergent evolution of pain-inducing defensive venom components in spitting cobras. Science, v. 371, n. 6527, p. 386+, . (19/05026-4, 17/18922-2)
CARABALLO-RODRIGUEZ, ANDRES MAURICIO; PUCKETT, SARA P.; KYLE, KATHLEEN E.; PETRAS, DANIEL; DA SILVA, RICARDO; NOTHIAS, LOUIS-FELIX; ERNST, MADELEINE; VAN DER HOOFT, JUSTIN J. J.; TRIPATHI, ANUPRIYA; WANG, MINGXUN; et al. Chemical Gradients of Plant Substrates in an Atta texana Fungus Garden. MSYSTEMS, v. 6, n. 4, . (17/18922-2, 19/05026-4)
BIN KANG, KYO; WOO, SUNMIN; ERNST, MADELEINE; VAN DER HOOFT, JUSTIN J. J.; NOTHIAS, LOUIS-FELIX; DA SILVA, RICARDO R.; DORRESTEIN, PIETER C.; SUNG, SANG HYUN; LEE, MINA. Assessing specialized metabolite diversity of Alnus species by a digitized LC-MS/MS data analysis workflow. Phytochemistry, v. 173, . (17/18922-2, 19/05026-4)
MCAVOY, ANDREW C.; JAIYESIMI, OLAKUNLE; THREATT, PAXTON H.; SELADI, TYLER; GOLDBERG, JOANNA B.; DA SILVA, RICARDO R.; GARG, NEHA. Differences in Cystic Fibrosis-Associated Burkholderia spp. Bacteria Metabolomes after Exposure to the Antibiotic Trimethoprim. ACS INFECTIOUS DISEASES, v. 6, n. 5, p. 1154-1168, . (17/18922-2, 19/05026-4)

Por favor, reporte erros na lista de publicações científicas utilizando este formulário.