O acordo com a Swiss National Science Foundation (SNSF) tem como objetivos facilitar as submissões de propostas para o cofinanciamento de Projetos Bilaterais entre instituições de pesquisa e universidades da Suíça e do Estado de São Paulo, fortalecer as cooperações científicas entre Suíça e o Estado de São Paulo, desenvolver padrões de qualidade mutuamente reconhecidos, dentre outros. A Swiss National Science Foundation (SNSF) e a FAPESP concordam em conduzir um regime de avaliação administrado unilateralmente por uma das duas agências, cujos resultados serão reconhecidos mutuamente pela SNSF e pela FAPESP.