O Programa FAPESP de Centros de Pesquisa em Engenharia/Centros de Pesquisa Aplicada usa o modelo bem-sucedido do Programa Especial CEPID (Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão) e o associa ao PITE, no qual há uma empresa parceira co-financiadora da pesquisa, fortemente motivada para participar da definição dos temas focais a serem investigados, participar ativamente dos projetos de pesquisa, e para usar os resultados obtidos com o centro. Os projetos são selecionados mediante chamadas anunciadas publicamente pela FAPESP em convênio com as empresas parceiras.