O Programa Jovens Pesquisadores em Centros Emergentes (JP-FAPESP) tem a finalidade de estimular a criação de oportunidade de trabalho, em condições competitivas internacionalmente, para jovem pesquisador ou grupo de jovens pesquisadores com experiência internacional demonstrada em pesquisa após a conclusão do doutorado. Os proponentes precisam demonstrar realizações após o doutorado que indiquem capacidade de liderança e grande potencial para nucleação de novos grupos de pesquisa que atuem em temas modernos e com clara inserção internacional, temas estes ainda não cobertos por pesquisadores no Estado de São Paulo.
A Fase 2 do Programa (JP2) tem o objetivo de possibilitar a consolidação de linhas de pesquisa iniciadas por agraciados por Auxílios Jovens Pesquisadores (JP) da FAPESP, dando suporte à continuidade do estabelecimento de grupo de pesquisa e ao desenvolvimento da temática abordada.