A modalidade Pesquisa em Centros de Ciências do Estado de São Paulo é voltada ao desenvolvimento de projetos de pesquisa que propiciem a instalação ou o fortalecimento institucional de museus de ciências e centros de ciências. Os projetos têm a responsabilidade de um Pesquisador Principal, vinculado a instituições superiores de ensino e pesquisa no Estado de São Paulo. A seleção é feita por meio de análise pelos pares. Modalidade encerrada em 2011.