A Fundação começou a funcionar em 1962 na Reitoria da Universidade de São Paulo e em seguida ocupou duas salas do edifício de laboratórios da Faculdade de Medicina da USP.
Nesse mesmo ano, o governador Carvalho Pinto decidiu conceder à nova instituição uma dotação de US$ 2,7 milhões para a formação de um patrimônio rentável.
Esse patrimônio permitiu à Fundação adquirir a sua primeira sede própria, transferindo-se em agosto de 1962 para o 14º andar do Edifício Louis Pasteur, à Avenida Paulista, 352.
A FAPESP funcionou nesse endereço até 1977, quando se mudou para sua sede atual, à R. Pio XI, 1500, Alto da Lapa.
Faculdade de Medicina, primeira sede da FAPESP (Fonte: FM-USP)
Edifício Pasteur, Av. Paulista, primeira sede própria da FAPESP
Prédio da Rua Pio XI, 1500, sede da FAPESP desde 1977