Os seguintes projetos da modalidade Iniciativas começam as ser implantados em 1969:
• Material para Divulgação Científica, cujo objetivo era mostrar as contribuições da pesquisa científica para o desenvolvimento social e econômico. Esse projeto prosseguiu na década de 1970, por meio de um convênio com a TV Cultura, e favoreceu a produção de documentários sobre pesquisas científicas.
• Contratação de Físicos Estrangeiros, pela FAPESP e Instituto de Física da USP.
• Manuais de Zoologia, dirigidos a estudantes de zoologia, sob a coordenação de Paulo Emílio Vanzolini, do Museu de Zoologia da USP.
• Política Tecnológica e Industrial do Estado de São Paulo, sob a coordenação de Nuno Fidelino Lobo da Costa Figueiredo, com a participação da Faculdade de Economia e Administração da USP e do Escritório Jaakko Poyry, de Helsinque, Finlândia. Resultou em vários documentos de uso interno da Fundação entre 1969 e 1971.
• Avaliação das Bolsas Concedidas pela Fapesp, sob a coordenação de Manoel Tosta Berlinck, da Fundação Getúlio Vargas, e assessoria à diretoria científica de Heitor G. de Souza, expressando a preocupação da Fundação com o controle de suas atividades.