Ilustrado com obras do artista Aldo Bonadei (1906-1974), o Relatório de Atividades de 2006 assinala que esse foi o ano de maior desembolso da história da FAPESP, com crescimento 8,33% superior ao de 2005, que já tinha registrado uma expansão de 22,29% nos gastos com o apoio à pesquisa científica e tecnológica no Estado de São Paulo.
A expansão nos dispêndios reflete a estabilidade macroeconômica e o consequente crescimento de 11,45% nas transferências do Tesouro Estadual.
Em 2006, a FAPESP contratou 10.057 novos projetos de pesquisa, um aumento de 23,22% em relação ao ano anterior. Dos novos projetos, 5.072 foram Bolsas (acréscimo de 26,74%), 3.813 Auxílios Regulares (crescimento de 27,14%) e 1.172 auxílios no âmbito dos Programas Especiais e dos Programas de Pesquisa para Inovação Tecnológica (0,95% a mais que em 2005).
A categoria pesquisa básica recebeu 78,8% dos recursos, com um acréscimo de 12,15% em relação a 2005, e representou 85,92% do número de novos projetos contratados. A pesquisa com objetivo primordial de aplicação prática de seus resultados recebeu 21,20% dos recursos desembolsados no ano e representou 14,09% dos projetos contratados.