Em 2004, a estabilidade macroeconômica permitiu a recuperação do patrimônio financeiro da FAPESP, assinala o Relatório de Atividades.
As transferências do Tesouro Estadual foram 11,27% superiores ao estimado, e o desembolso em pesquisa científica e tecnológica foi 11,02% superior ao do ano anterior.
Nesse ano, foram aprovados 8.285 novos projetos, 10,97% a mais que no exercício anterior. Dos novos projetos, 4.132 foram Bolsas (aumento de 7,66% em relação a 2003), 3.110 Auxílios Regulares (crescimento de 5,67%) e 1.043 auxílios no âmbito dos Programas Especiais e Programas de Inovação Tecnológica (52,49% a mais que no ano anterior).
A categoria pesquisa básica recebeu 68,5% do total de recursos desembolsados no ano e representou 72,6% dos projetos aprovados.
A pesquisa com objetivo primordial de aplicação prática de seus resultados recebeu 31,5% dos recursos desembolsados no ano e representou 27,3% dos auxílios aprovados.
Em abril, entrou em funcionamento em caráter experimental o telescópio Soar (Southern Observatory for Astrophysical Research), construído com apoio do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) (US$ 10 milhões), da FAPESP (US$ 2 milhões) e de instituições dos Estados Unidos.
O Genoma Café, uma parceria com a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), encerrou a primeira fase, com 155 mil sequências de genes.
Foi concluído também o sequenciamento do genoma integral da bactéria Leifsonia xyli, da subespécie xyli.