Graças ao aumento de recursos viabilizado pela Constituição Estadual de 1989, a FAPESP expandiu em cerca de 20% o programa de auxílios e bolsas e lançou o novo programa de projetos temáticos, como detalhado no Relatório de Atividades.
Em 1991, 56,8% dos recursos destinaram-se aos projetos temáticos, 23,4% aos projetos individuais, 9,1% a bolsas no país, 5,6% a bolsas no exterior, 3,0% a publicações e intercâmbio, 1,9% a projetos especiais e ao programa de aquisição de livros, e 0,2% à rede ANSP.
O tráfego na linha internacional da rede ANSP aumentou de 95.000 arquivos em dezembro de 1990 para 180.000 em dezembro de 1991.
Em 1991, dos 3,214 pedidos de auxílios, foram aprovados 1.948; e dos 2.745 de bolsas no país, 1.817.