O Relatório das Atividades 1969 acentua que uma das preocupações da FAPESP era estabelecer prioridades de pesquisas, principalmente no campo tecnológico, por meio de um mapeamento, iniciado naquele ano, e de uma cooperação com o então chamado Conselho Nacional de Pesquisas, atual CNPq.
O fortalecimento do poder de competição da indústria nacional e a aceleração do desenvolvimento científico e tecnológico eram então metas do Governa Federal, ao lado de outras duas, “revolução na educação e saúde-saneamento” e “revolução na agricultura e no abastecimento”.
“No setor das ciências básicas, a escolha de temas de pesquisas tem sido feita inteiramente ‘ad libitum’ dos nossos pesquisadores; a Fundação tem tido recursos suficientes para atendê-los integralmente, tanto mais quanto aquele setor não tem tido incremento ultimamente”, observou o diretor-presidente do CTA, Jayme Cavalcanti.
Em 1969, a FAPESP concedeu 604 bolsas, das quais 87 para o exterior, e 383 auxílios à pesquisa.