A infraestrutura científica em São Paulo ganhou novo impulso com a reativação, em 2004, do Programa de Equipamentos Multiusuários.
Criado em 1996 como um módulo do Programa de Apoio à Infraestrutura de Pesquisa, o Programa de Equipamentos Multiusuários operou de 1998 a 2002 como um programa especial autônomo.
O programa financia a compra de equipamentos de custo elevado e uso compartilhado. De 1999 a 2001 a FAPESP aprovou 61 solicitações de pedidos cujos valores variavam de R$ 858 mil para equipamentos de pesquisa em Física a R$ 96,8 mil para Ciências Humanas e Sociais.