Criado em 1996 como um módulo do Programa de Apoio à Infraestrutura de Pesquisa, o Programa de Equipamentos Multiusuários operou de 1998 a 2002 como um programa especial autônomo.
O programa financiava a compra de equipamentos de custo elevado e uso compartilhado. De 1999 a 2001, a FAPESP aprovou 61 solicitações de pedidos cujos valores variavam de R$ 858 mil para equipamentos de pesquisa em Física a R$ 96,8 mil para Ciências Humanas e Sociais.
O Programa Multiusuários foi reativado em 2004.