Em 1990 a FAPESP lançou a modalidade Projetos Temáticos para apoiar pesquisas abrangentes e ousadas, de longa duração (até quatro anos) e multidisciplinares, envolvendo diversos pesquisadores, muitas vezes de vários departamentos ou instituições, com o propósito de obter resultados científicos ou tecnológicos e socioeconômicos de maior impacto.
Essa nova modalidade resultou de uma série de reuniões de pesquisadores com diretores da FAPESP para rever as estratégias de apoio à pesquisa até então adotadas. Eles concluíram que, sem dispensar o apoio a projetos individuais, seria oportuno encorajar trabalhos colaborativos e mais longos.
Até o final de 1991 a FAPESP recebeu 401 propostas de projetos temáticos e aprovou 107, para os quais destinou o equivalente a US$ 29,6 milhões de dólares.
Em 2008, a Gerência de Comunicação da FAPESP lançou a coleção Resultados de Projetos Temáticos em São Paulo, com oito volumes que reúnem reportagens sobre projetos temáticos, publicadas de 1996 a 2004 na revista Pesquisa FAPESP.
Leia os resumos dos Projetos Temáticos na Biblioteca Virtual da FAPESP.