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Sequenciamento genômico em larga escala em tumores adrenocorticais pediátricos

Processo: 18/08210-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de outubro de 2018
Vigência (Término): 30 de setembro de 2020
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina - Saúde Materno-infantil
Pesquisador responsável:Sonir Roberto Rauber Antonini
Beneficiário:Daniel Ferreira de Lima Neto
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:14/03989-6 - Mecanismos fisiopatológicos e moleculares de tumorigênese: abordagem baseada em plataformas de sequenciamento em escala genômica (NGS - Next-Generation Sequencing), AP.TEM
Assunto(s):Transcriptoma   Biologia computacional   Endocrinologia   Mutação

Resumo

Alterações genéticas são responsáveis pela formação e progressão da maioria dos tumores na espécie humana, incluindo, possivelmente, os tumores adrenocorticais pediátricos. Existem evidências crescentes de que a interação gênica e as redes de interação entre genes e proteínas desempenham papel fundamental nos processos de tumorigênese. O sequenciamento de nova geração (NGS) é a tecnologia mais promissora para a detecção de novas mutações, graças à enorme quantidade de informações que os sequenciadores modernos podem gerar. Teoricamente, todas as mutações, independentemente da frequência alélica variante (VAF) ou região genômica, podem ser observadas com a profundidade de leitura adequada. No entanto, anotá-las (detectá-las) com confiança não é tarefa trivial devido ao ruído introduzido pelas leituras. Numerosas ferramentas de bioinformática foram desenvolvidas para descobrir mutações (variantes) a partir das reads (leituras) de NGS.A bioinformática dos tumores é uma das múltiplas maneiras de concentrar métodos de bioinformática no neste contexto, buscando entender a especificidade do metabolismo da doença, sinalização, comunicação e proliferação celular. A bioinformática clínica, uma ciência emergente que combina informática clínica, bioinformática, tecnologia da informação, matemática e ciências ômicas, pode ser considerada um dos elementos críticos que abordam desafios clínicos relevantes no diagnóstico precoce, terapias eficientes e métodos preditivos e prognóstico de pacientes com câncer.Perspectivas: O uso integrado das ferramentas de bioinformática nos dados gerados pelo NGS dos tumores adrenocorticais, um dos subprojetos do Projeto Temático a que essa bolsa será vinculada, deverá produzir informações importantes sobre a ocorrência de variações genéticas nesses tumores (danos somáticos) e as alterações germinativas predisponentes. Esses resultados poderão permitir a reclassificação desses tumores baseados no seu perfil genético, detectar novos marcadores de prognóstico, detectar novas vias celulares envolvidas e com potencial de abrir a possibilidade para novos estudos funcionais e a busca por novos agentes terapêuticos específicos.Objetivos1 - Detecção de alterações somáticas e germinativas (SNPs, indels, CUV, Svs) nas amostras de DNA tumoral e de DNA genômico de pacientes com tumores adrenocorticais pediátricos.2 - Identificação de alterações descritas já descritas e verificação de alterações novas. 3 - Comparação com bases internacionais de variantes para identificação de assinaturas brasileiras no conjunto de dados.4 - Avaliação da associação entre anormalidades encontradas, fenótipo tumoral e desfecho clínico.