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Questões algoritmicas em biologia molecular

Processo: 04/14335-5
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de julho de 2005 - 30 de junho de 2007
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
Convênio/Acordo: INRIA
Pesquisador responsável:Carlos Eduardo Ferreira
Beneficiário:Carlos Eduardo Ferreira
Pesq. responsável no exterior: Marie-France Sagot
Instituição no exterior: Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA Rhône-Alpes), França
Instituição-sede: Instituto de Matemática e Estatística (IME). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Algoritmos  Biologia computacional 

Resumo

The research proposed here will mainly focus on computational biology. The technological advances in biology related areas allowed a huge amount of information to be extracted. It is one of the main challenges for biologists to be able to extract knowledge from all this data and a challenge also for the computer scientists to help the biologists in this process. The analysis of this data involves, among many other issues, the formalization of problems and the search for efficient algorithms to solve these problems. This is a continuous process in the sense that the solutions produced by the algorithms will usually lead the researchs to refine their models and problems, and therefore, to need refinements and new algorithms for them. The main goal of this project is to work on these types of questions: the formalization of problems coming from biology and the search of efficient algorithms for these problems. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
ADI‚ S.S.; BRAGA‚ M.D.V.; FERNANDES‚ C.G.; FERREIRA‚ C.E.; MARTINEZ‚ F.V.; SAGOT‚ M.F.; STEFANES‚ M.A.; TJANDRAATMADJA‚ C.; WAKABAYASHI‚ Y. Repetition-free longest common subsequence. DISCRETE APPLIED MATHEMATICS, v. 158, n. 12, p. 1315-1324, 2010.
MARTINEZ‚ F.V.; DE PINA‚ J.C.; SOARES‚ J. Algorithms for terminal Steiner trees. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, v. 389, n. 1, p. 133-142, 2007.
RODRIGUES‚ E.M.; SAGOT‚ M.F.; WAKABAYASHI‚ Y. The maximum agreement forest problem: Approximation algorithms and computational experiments. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, v. 374, n. 1, p. 91-110, 2007.

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